但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。

斜管蟲病是一種寄生蟲性疾病，在水產養(yǎng)殖中也是一種比較常見的寄生蟲性疾病，危害還是蠻大的。斜管蟲病主要發(fā)生在春季和秋季，但是當水質惡劣、魚體衰弱時，也會在夏季或冬季發(fā)生。此病初期沒有明顯癥狀，當大量寄生時，鰓和體表粘液增加，病魚食欲減退，體瘦而發(fā)黑。 斜管蟲一般寄生在淡水魚的鰓及皮膚上，對溫水性及冷水魚都可造成危害，主要危害魚苗魚種。

循環(huán)水處理系統(tǒng)設備是一種環(huán)保水處理的方式。隨著工業(yè)的快速發(fā)展，大量的工廠化水產養(yǎng)殖項目、市政污水、泳池工程等方面都需要對水進行循環(huán)處理、綜合利用。以期達到低碳減排的目的。水處理設備多年來專注于循環(huán)水處理特別是水產水族相關的循環(huán)水處理設備的研發(fā)與生產。在相關系統(tǒng)的設計與設備的改進上積累了豐富的經驗。循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養(yǎng)殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。