宏基因組二代測(cè)序，你了解多少？

宏基因組二代測(cè)序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測(cè)技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對(duì)于血液病患者，病原mNGS通過(guò)對(duì)樣本快速高通量測(cè)序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對(duì)無(wú)偏倚的病原信息，對(duì)病原診斷起到積極的作用，尤其對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)未覆蓋到或檢測(cè)周期較長(zhǎng)、陽(yáng)性率較低的病原可提高檢出率。對(duì)于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，病理、無(wú)菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評(píng)估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。 一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別是什么？陜西哪里有二代測(cè)序技術(shù)

二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的原理是什么？

全外顯子測(cè)序主要是利用序列捕獲技術(shù)，將基因組 DNA 中的外顯子區(qū)域富集起來(lái)，然后通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)（如第二代測(cè)序技術(shù) Illumina 測(cè)序平臺(tái)）對(duì)富集后的外顯子 DN**段進(jìn)行測(cè)序。其大致步驟包括 DNA 提取、片段化、文庫(kù)構(gòu)建、外顯子捕獲、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析等。例如，在文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中，將提取的基因組 DN**段化后，在片段兩端連接上特定的接頭序列，這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴(kuò)增和測(cè)序反應(yīng)。然后通過(guò)與外顯子區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸探針，將外顯子片段從全基因組 DNA 文庫(kù)中 “捕獲” 出來(lái)，經(jīng)過(guò)清洗去除未結(jié)合的 DN**段后，對(duì)捕獲的外顯子文庫(kù)進(jìn)行大規(guī)模的平行測(cè)序。 南京二代測(cè)序二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。

關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介：

二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱(chēng)為高通量測(cè)序技術(shù)，是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。

二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí)，大幅度的降低了測(cè)序成本，保持了高準(zhǔn)確性，以前完成一個(gè)人類(lèi)基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間，而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周，但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多，大多只100bp-150bp。

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的背景和基本原理

1、背景：在基因表達(dá)過(guò)程中，DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA，轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會(huì)經(jīng)過(guò)一系列加工，包括剪接等過(guò)程形成成熟的 mRNA，然后進(jìn)行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以讓我們?cè)谌蚪M范圍內(nèi)研究基因的表達(dá)情況，相比于傳統(tǒng)的基因表達(dá)研究方法（如芯片技術(shù)），它具有更高的分辨率和更廣的檢測(cè)范圍。

2、原理：首先從樣本（如細(xì)胞、組織）中提取總 RNA，然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA（互補(bǔ) DNA）。這些 cDNA 會(huì)構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)，在文庫(kù)中加入特定的接頭序列，以便后續(xù)在測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序過(guò)程中，測(cè)序儀會(huì)讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過(guò)生物信息學(xué)分析，將這些短序列（reads）比對(duì)到參考基因組或進(jìn)行從頭組裝（如果沒(méi)有參考基因組），從而確定轉(zhuǎn)錄本的序列和表達(dá)量。 二代測(cè)序通量大，可以產(chǎn)生上G的reads.

二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快？

病原微生物檢測(cè)：一般來(lái)說(shuō)，二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí)，能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí)，通?？梢栽趲讉€(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果，相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法，時(shí)間大幅縮短，傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。

全基因組測(cè)序：如果是對(duì)人類(lèi)全基因組進(jìn)行測(cè)序，以目前的技術(shù)水平，使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序，一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前，人類(lèi)全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí)，耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力，相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短，一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可以完成對(duì)大量 RNA 分子的測(cè)序和初步數(shù)據(jù)分析，進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8. 二代和三代測(cè)序的區(qū)別？北京哪里有二代測(cè)序檢測(cè)

二代測(cè)序可以檢測(cè)基因嗎？陜西哪里有二代測(cè)序技術(shù)

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟①

一、樣本準(zhǔn)備

樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織。對(duì)于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織，可將其置于液氮中速凍，然后保存在-80℃冰箱中。

核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相，從而實(shí)現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上，經(jīng)過(guò)洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過(guò)程中，需要特別注意防止RNA酶的污染，因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定，容易降解RNA。一般會(huì)使用含有RNA酶抑制劑的試劑，如焦碳酸二乙酯（DEPC）處理水來(lái)配制試劑，并且操作過(guò)程要在無(wú)RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行，如使用無(wú)RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法，Trizol試劑可以同時(shí)破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離，然后通過(guò)氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。 陜西哪里有二代測(cè)序技術(shù)

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