什么樣本可以做二代測序?②
組織樣本
新鮮組織:如手術切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細胞完整性較好,能夠提供高質量的DNA和RNA。在**研究中,對新鮮**組織進行全基因組測序、轉錄組測序等,可以深入了解**的基因突變、基因表達變化等情況。例如,在研究結直腸*的發(fā)病機制時,對手術切除的結直腸*組織及其*旁組織進行測序,比較兩者之間的差異,以發(fā)現**相關的基因變異和表達調控異常。
福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織:這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會有一定程度的損傷和降解,但經過適當的提取和修復處理后,仍然可以用于二代測序。在回顧性研究中,大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來。例如,對多年前保存的乳腺*FFPE組織進行測序,研究乳腺*的疾病進展和***反應相關的基因變化。 二代測序的優(yōu)勢是高準確性。海南二代測序分析
二代測序——技術原理類問題
二代測序與一代測序的區(qū)別是什么:一代測序技術如Sanger測序,一次只能讀取一條DNA序列,通量低、速度慢、成本高,但準確性高,適用于對少量基因片段的精確測序。而二代測序技術具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點,可以同時對大量DNA分子進行測序,但在單個堿基的準確性上稍低于一代測序,二者在不同的應用場景中各有優(yōu)勢。二代測序有哪些主要的測序原理:主要包括邊合成邊測序和連接法測序。邊合成邊測序是在DNA聚合酶的作用下,逐個添加帶有熒光標記的dNTP,通過檢測釋放的熒光信號來確定堿基序列;連接法測序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上,根據連接的探針序列來推斷模板DNA的堿基組成。 遼寧哪里有二代測序應用二代測序實驗與測序原理是什么?
二代測序的操作流程有哪些?
1.DNA提取與質檢
· 純凈、足量、質量好的樣本DNA是檢測成功的基礎(可以來源于血漿、新鮮組織等)
2.DNA處理→文庫構建
· 得到統一長度區(qū)間+有接頭的DNA片段
· 步驟:DNA打斷→末端修復→片段篩選→加A尾→接頭連接→PCR
3.靶向捕獲
· 特定區(qū)域基因的定向檢測
4.上機測序
· 根據通量情況選擇測序儀
· 上樣后機器完成
5.數據分析
· 初級分析:光強數據(不同熒光標記堿基)→序列信息(AGCT)
· 二級分析 多儀器自帶
· 三級分析 vcf文件 可diy
①二代測序一般多久出結果?
二代測序(Next-GenerationSequencing,NGS)出結果的時間會受到多種因素的影響,一般在數天到數周不等。
1、樣本類型和質量
不同的樣本類型處理時間不同。例如,血液樣本相對容易處理,提取DNA的過程比較常規(guī)。如果是組織樣本,可能需要先進行樣本的解離等復雜操作。如果樣本質量高,DNA提取和文庫構建等前期工作會比較順利,能加快整體進程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質量問題,可能需要重新提取樣本或者進行DNA修復等操作,這會**延長時間。例如,對于新鮮血液樣本,DNA提取可能在1-2天內完成;而對于一些福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本,可能需要3-5天來完成高質量DNA的提取和后續(xù)的優(yōu)化處理。
二代測序的使用場景都有哪些?
不同二代測序技術平臺的速度
Illumina 測序平臺:這是目前市場上應用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運行可以在 1-3 天內產生大量的數據,通量可達數億甚至數十億條讀長,能夠滿足大規(guī)模基因組學研究和臨床檢測的需求。
Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統的測序速度也較快,其特點是測序片段比較長,高質量的讀長能達到 400bp 左右,一次運行可以在 24 小時左右完成對一定數量樣本的測序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現,如全球二代測序速度**快設備 E25 量產,為快速測序提供了有力支持 二代測序廣泛應用于個性化醫(yī)學。重慶二代測序流程
宏基因組測序也是二代測序。海南二代測序分析
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢:無創(chuàng)產前篩查(NIPT)是二代測序技術用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準確率分別能達到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統血清學篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細胞,可能與胎兒實際情況不一致,導致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 海南二代測序分析
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