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什么是二代測(cè)序運(yùn)用

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2024-12-12

③二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?

3、測(cè)序深度和覆蓋度要求

測(cè)序深度是指每個(gè)堿基被測(cè)序的平均次數(shù),覆蓋度是指測(cè)序獲得的堿基占整個(gè)基因組(或目標(biāo)區(qū)域)的比例。如果要求高測(cè)序深度和高覆蓋度,比如進(jìn)行**全基因組的深度測(cè)序(測(cè)序深度可能達(dá)到100X甚至更高),需要更長(zhǎng)的測(cè)序時(shí)間來(lái)獲取足夠的數(shù)據(jù),并且后續(xù)的數(shù)據(jù)處理和分析也會(huì)更復(fù)雜。而對(duì)于一些簡(jiǎn)單的基因篩查項(xiàng)目,測(cè)序深度要求較低(如10X-20X),相應(yīng)的測(cè)序和分析時(shí)間會(huì)縮短。例如,低深度全外顯子測(cè)序用于篩查常見(jiàn)突變,測(cè)序可能在3-5天完成;而高深度的全外顯子測(cè)序用于檢測(cè)低頻體細(xì)胞突變,可能需要7-10天甚至更久。 宏基因組測(cè)序也是二代測(cè)序。什么是二代測(cè)序運(yùn)用

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二代測(cè)序——甲基化的定義和概念

定義:甲基化(methylation)是指從活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過(guò)程。在生物系統(tǒng)中,這是一種常見(jiàn)的化學(xué)修飾方式,主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)。

DNA甲基化

概念及位置:DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNAmethyltransferase,DNMT)的作用下,將甲基基團(tuán)添加到DNA分子中的特定堿基上,最常見(jiàn)的是在CpG島(富含CpG二核苷酸的區(qū)域,CpG是指胞嘧啶-鳥(niǎo)嘌呤的堿基對(duì))的胞嘧啶(C)的5’碳位上添加甲基。 南京哪里有二代測(cè)序公司二代測(cè)序可以邊合成邊測(cè)序嗎?

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二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快?

病原微生物檢測(cè):一般來(lái)說(shuō),二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí),能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí),通常可以在幾個(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果,相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法,時(shí)間大幅縮短,傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。

全基因組測(cè)序:如果是對(duì)人類全基因組進(jìn)行測(cè)序,以目前的技術(shù)水平,使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序,一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前,人類全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí),耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力,相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短,一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可以完成對(duì)大量 RNA 分子的測(cè)序和初步數(shù)據(jù)分析,進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8.

二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異②

遺傳病患者及攜帶者

優(yōu)勢(shì):在常見(jiàn)單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細(xì)胞貧血等的檢測(cè)中,二代測(cè)序技術(shù)準(zhǔn)確性高,能夠快速、準(zhǔn)確地找到致病基因,對(duì)于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評(píng)估生育患病后代的風(fēng)險(xiǎn)。

局限性:對(duì)于罕見(jiàn)遺傳病,由于基因突變的多樣性和復(fù)雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準(zhǔn)確解讀的情況,導(dǎo)致準(zhǔn)確性有所降低。此外,即使檢測(cè)結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 一代和二代測(cè)序的區(qū)別?

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二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的局限性

不能檢測(cè)所有的遺傳變異:它只能檢測(cè)外顯子區(qū)域的變異,對(duì)于非外顯子區(qū)域(如內(nèi)含子、基因間區(qū)域)的變異無(wú)法檢測(cè),而這些區(qū)域的某些變異也可能對(duì)基因的表達(dá)和功能產(chǎn)生重要影響,如內(nèi)含子中的突變可能影響基因的剪接。

數(shù)據(jù)分析復(fù)雜:全外顯子測(cè)序會(huì)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),需要復(fù)雜的生物信息學(xué)工具和方法來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。包括數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制、變異的檢測(cè)和注釋、致病性的評(píng)估等多個(gè)環(huán)節(jié),其中任何一個(gè)環(huán)節(jié)出現(xiàn)問(wèn)題都可能導(dǎo)致錯(cuò)誤的結(jié)論。 二代和三代測(cè)序的區(qū)別?西藏二代測(cè)序公司

二代測(cè)序的成本比一代測(cè)序高嗎?什么是二代測(cè)序運(yùn)用

二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異④

***性疾病患者

優(yōu)勢(shì):病原學(xué)二代測(cè)序可準(zhǔn)確檢測(cè)病原體的基因序**定病原體種類和基因型,為***性疾病的診斷和***提供依據(jù),在檢測(cè)罕見(jiàn)病原體、病毒***等方面具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì),有助于快速明確診斷,尤其是對(duì)于一些傳統(tǒng)檢測(cè)方法難以診斷的***性疾病,如不明原因的發(fā)熱、肺炎、腦膜炎等。

局限性:對(duì)于低豐度病原體,可能出現(xiàn)假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。樣本質(zhì)量、測(cè)序深度和數(shù)據(jù)分析方法等因素也會(huì)影響準(zhǔn)確性,若樣本中病原體含量低或雜質(zhì)多,可能導(dǎo)致檢測(cè)失敗或結(jié)果不準(zhǔn)確 什么是二代測(cè)序運(yùn)用

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標(biāo)簽: 二代測(cè)序