二代測(cè)序——蛋白質(zhì)甲基化

概念及位置：蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸（Arg）和賴氨酸（Lys）殘基。

作用

1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴氨酸殘基（如 H3K4、H3K9 等）發(fā)生甲基化時(shí)，會(huì)招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物，從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性：某些酶的活性可以通過蛋白質(zhì)甲基化來調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。

檢測(cè)方法：質(zhì)譜分析：這是一種***用于檢測(cè)蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量，通過比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖，可以鑒定甲基化位點(diǎn)和修飾程度。 二代測(cè)序常用于產(chǎn)前的檢測(cè)或診斷。新疆哪里有二代測(cè)序提供

二代測(cè)序的建庫步驟③

三、末端修復(fù)和加A尾（以DNA文庫為例）

末端修復(fù)：經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的，有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶，將這些末端補(bǔ)平，使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性，在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）存在下，可以將突出的末端補(bǔ)平。

加A尾：在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個(gè)A堿基。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備，一般使用Klenow片段（3'→5'外切酶活性缺失）在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng)，這樣可以使DNA片段能夠高效地與帶有T-突出端的測(cè)序接頭連接。 山西哪里有二代測(cè)序流程二代和三代測(cè)序的區(qū)別？

什么樣本可以做二代測(cè)序？④

4、口腔樣本

口腔拭子：通過刮取口腔黏膜細(xì)胞來獲取樣本。口腔拭子采集方便、無創(chuàng)，可用于DNA提取和基因檢測(cè)。例如，在法醫(yī)鑒定中，口腔拭子是常用的樣本來源，用于個(gè)體身份識(shí)別和親子關(guān)系鑒定等；在一些大規(guī)模的人群基因篩查項(xiàng)目中，也可以使用口腔拭子來收集樣本。

5、糞便樣本

糞便中含有腸道微生物、腸道上皮細(xì)胞等成分。對(duì)糞便樣本進(jìn)行宏基因組測(cè)序，可以研究腸道微生物群落的組成、功能和多樣性。例如，在腸道疾?。ㄈ缪装Y性腸病、結(jié)直腸*等）的研究中，分析糞便中微生物群落結(jié)構(gòu)的變化，以及微生物基因的表達(dá)情況，有助于了解疾病的發(fā)病機(jī)制和尋找潛在的生物標(biāo)志物。

二代測(cè)序——基因組測(cè)序該測(cè)幾個(gè)G？②

人類全外顯子組測(cè)序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測(cè)序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測(cè)準(zhǔn)確性，一般測(cè)序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測(cè)序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，能夠高效地檢測(cè)出與疾病相關(guān)的基因突變，常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動(dòng)植物基因組測(cè)序

常見動(dòng)植物：對(duì)于一些常見的動(dòng)植物物種，如水稻、小鼠等，其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測(cè)序時(shí)，測(cè)序深度一般在10X-30X左右，數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測(cè)序或特定性狀相關(guān)的研究，測(cè)序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。

復(fù)雜基因組的動(dòng)植物：部分動(dòng)植物的基因組較大且復(fù)雜，例如某些魚類、植物的多倍體物種等，其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對(duì)于這類物種的全基因組測(cè)序，測(cè)序深度可能在5X-10X左右，數(shù)據(jù)量也會(huì)因基因組大小而異，從幾十G到數(shù)百G不等。 二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高通量。

什么樣本可以做二代測(cè)序？③

細(xì)胞樣本

培養(yǎng)細(xì)胞：包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中，對(duì)培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如，在研究細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時(shí)，對(duì)經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，以分析基因表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)情況。

脫落細(xì)胞：如痰液中的脫落細(xì)胞、尿液中的脫落細(xì)胞等。這些細(xì)胞可以用于某些疾病的篩查。例如，在肺*篩查中，對(duì)痰液中的脫落細(xì)胞進(jìn)行基因檢測(cè)，通過二代測(cè)序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變，作為一種非侵入性的檢測(cè)方法。 二代測(cè)序的使用場(chǎng)景都有哪些？青海哪里有二代測(cè)序

二代測(cè)序包括全基因組測(cè)序和全外顯子測(cè)序。新疆哪里有二代測(cè)序提供

二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展①

疾病診斷與***領(lǐng)域 ：消化系統(tǒng)**標(biāo)志物檢測(cè)：2024 年的**共識(shí)指出，二代測(cè)序（NGS）技術(shù)可同時(shí)檢測(cè)消化系統(tǒng)**中的多種標(biāo)志物，如錯(cuò)配修復(fù)基因變異、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）狀態(tài)、**突變負(fù)荷（TMB）等，為**的精細(xì)***提供了更***、準(zhǔn)確的信息。例如，MSI-H 的實(shí)體瘤患者可使用帕博利珠單抗進(jìn)行***，而 NGS 技術(shù)能更好地檢測(cè) MSI 狀態(tài)及相關(guān)耐藥機(jī)制。

**液體活檢：通過檢測(cè)血液中的循環(huán)** DNA（ctDNA）等標(biāo)志物，實(shí)現(xiàn)對(duì)**的早期篩查、診斷和***監(jiān)測(cè)。NGS 技術(shù)能夠更敏感地檢測(cè)到 ctDNA 中的基因突變和變異，為**的無創(chuàng)診斷提供了有力支持。

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