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②二代測序一般多久出結(jié)果?
2、測序平臺和通量
不同的二代測序平臺有不同的通量(一次能測序的樣本數(shù)量和數(shù)據(jù)量)和測序速度。一些高通量的測序平臺,如IlluminaNovaSeq系列,能夠在較短時間內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。但如果使用的是通量較低的小型測序儀,或者測序儀的運行時間被多個項目分配,都會影響結(jié)果產(chǎn)出的時間。例如,在高通量平臺上進行全基因組測序,測序運行時間可能在2-7天左右,具體取決于測序深度等因素。而對于一些小型臺式測序儀進行靶向基因測序,運行時間可能在1-3天。 擴增子測序是二代測序嗎?廣東哪里有二代測序原理
二代測序的操作流程有哪些?
1.DNA提取與質(zhì)檢
· 純凈、足量、質(zhì)量好的樣本DNA是檢測成功的基礎(chǔ)(可以來源于血漿、新鮮組織等)
2.DNA處理→文庫構(gòu)建
· 得到統(tǒng)一長度區(qū)間+有接頭的DNA片段
· 步驟:DNA打斷→末端修復(fù)→片段篩選→加A尾→接頭連接→PCR
3.靶向捕獲
· 特定區(qū)域基因的定向檢測
4.上機測序
· 根據(jù)通量情況選擇測序儀
· 上樣后機器完成
5.數(shù)據(jù)分析
· 初級分析:光強數(shù)據(jù)(不同熒光標記堿基)→序列信息(AGCT)
· 二級分析 多儀器自帶
· 三級分析 vcf文件 可diy 徐匯區(qū)二代測序原理二代測序是先打斷DNA,使其片段化。
二代測序技術(shù)在不同人群中的準確性有何差異①
**患者
優(yōu)勢:對于**患者,二代測序技術(shù)準確性相對較高,在**的診斷、***及監(jiān)測等方面應(yīng)用***。比如肺*患者,通過檢測**組織或血液中的基因突變,可準確找到如EGFR、ALK等驅(qū)動基因突變,為靶向***提供依據(jù),其準確率通常在90%以上。在軟組織**中,二代測序能檢測到**組織的基因信息,包括突變基因、基因表達情況等,幫助醫(yī)生更準確地診斷病情,并制定個性化的***方案。
局限性:腫瘤細胞的異質(zhì)性會影響檢測準確性,若樣本中腫瘤細胞比例低或存在多種類型細胞,可能導(dǎo)致部分基因突變漏檢,影響對**基因組全貌的評估。此外,血液樣本中循環(huán)**DNA含量低且釋放不穩(wěn)定,也會使檢測結(jié)果存在波動,影響準確性
二代測序的建庫步驟④
四、接頭連接
接頭選擇:根據(jù)測序平臺的要求選擇合適的接頭。不同的二代測序平臺(如Illumina、IonTorrent等)有各自特定設(shè)計的接頭。這些接頭包含與測序平臺的流動池(flowcell)表面互補的序列,用于將DNA片段固定在測序芯片上,還包含用于區(qū)分不同樣本的索引序列(index)等。
連接反應(yīng):使用DNA連接酶將接頭與DNA片段連接。T4DNA連接酶是常用的連接酶,它可以在ATP(三磷酸腺苷)存在下,將接頭的5'-磷酸基團與DNA片段的3'-羥基形成磷酸二酯鍵,從而將接頭連接到DNA片段的兩端。連接反應(yīng)的條件(如溫度、連接酶的用量、反應(yīng)時間等)需要根據(jù)具體的實驗要求進行優(yōu)化,以確保較高的連接效率。 單細胞測序?qū)儆诙鷾y序嗎?
什么樣本可以做二代測序?④
4、口腔樣本
口腔拭子:通過刮取口腔黏膜細胞來獲取樣本??谇皇米硬杉奖?、無創(chuàng),可用于DNA提取和基因檢測。例如,在法醫(yī)鑒定中,口腔拭子是常用的樣本來源,用于個體身份識別和親子關(guān)系鑒定等;在一些大規(guī)模的人群基因篩查項目中,也可以使用口腔拭子來收集樣本。
5、糞便樣本
糞便中含有腸道微生物、腸道上皮細胞等成分。對糞便樣本進行宏基因組測序,可以研究腸道微生物群落的組成、功能和多樣性。例如,在腸道疾?。ㄈ缪装Y性腸病、結(jié)直腸*等)的研究中,分析糞便中微生物群落結(jié)構(gòu)的變化,以及微生物基因的表達情況,有助于了解疾病的發(fā)病機制和尋找潛在的生物標志物。 宏基因組測序是二代測序嗎?徐匯區(qū)二代測序原理
二代測序可以檢測基因嗎?廣東哪里有二代測序原理
二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些?
基因組學(xué)研究:用于全基因組測序,快速獲取物種的基因組序列信息,研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進化等;進行全外顯子組測序,重點關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究:通過對轉(zhuǎn)錄組進行測序,可分析基因的表達水平、可變剪接、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等,有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達調(diào)控機制。
疾病診斷與***:在遺傳病診斷中,能夠檢測出導(dǎo)致遺傳病的基因突變,為疾病的診斷、遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷提供依據(jù);在**研究中,可分析腫瘤細胞的基因突變、拷貝數(shù)變異、基因融合等,為**的早期診斷、靶向***和預(yù)后評估提供支持。
藥物研發(fā):用于藥物靶點的發(fā)現(xiàn)和驗證,通過分析疾病相關(guān)的基因變異和表達變化,確定潛在的藥物作用靶點;還可進行藥物基因組學(xué)研究,預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和不良反應(yīng),實現(xiàn)個體化藥物***。
微生物學(xué)研究:對微生物群落進行宏基因組測序,無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因,了解微生物群落的結(jié)構(gòu)和動態(tài)變化,研究微生物與宿主的相互作用,以及在環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用
廣東哪里有二代測序原理
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