什么樣本可以做二代測(cè)序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見(jiàn)的樣本類(lèi)型之一。血液中含有白細(xì)胞,其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過(guò)提取白細(xì)胞中的DNA,可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán),這些cfDNA被稱(chēng)為循環(huán)**DNA(ctDNA)。通過(guò)對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序,可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過(guò)程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如,對(duì)于肺*患者,檢測(cè)血漿中的ctDNA來(lái)追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據(jù)。 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于個(gè)性化醫(yī)學(xué)。吉林二代測(cè)序原理
二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢(shì):無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測(cè)序技術(shù)用于孕期胎兒常見(jiàn)染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對(duì)于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測(cè)準(zhǔn)確率分別能達(dá)到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來(lái)源于胎盤(pán)滋養(yǎng)細(xì)胞,可能與胎兒實(shí)際情況不一致,導(dǎo)致假陽(yáng)性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會(huì)使外周血中游離DNA含量過(guò)高,掩蓋胎兒來(lái)源的游離DNA,造成假陰性510. 河南哪里有二代測(cè)序公司二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高準(zhǔn)確性。
一代、二代、三代測(cè)序的技術(shù)原理和技術(shù)特點(diǎn)分別是什么?
技術(shù)原理:
一代—雙脫氧終止法
二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像
三代—PacBio SMRT測(cè)序技術(shù)
技術(shù)特點(diǎn):
一代—只能檢測(cè)序列一致的PCR產(chǎn)物;讀長(zhǎng)可以較長(zhǎng),比如Sanger可以達(dá)到幾百bp;通量低,一次只能檢測(cè)少量的序列;成本低;
二代—可以并行測(cè)序;需要放大信號(hào)才能檢測(cè);通量大,可以產(chǎn)生上G的reads;讀長(zhǎng)較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高
三代:可以并行測(cè)序;不需要放大信號(hào),對(duì)單個(gè)分子進(jìn)行測(cè)序;通量大,比如SequelII平臺(tái),一張芯片可以有800萬(wàn)個(gè)ZMW;讀長(zhǎng)較長(zhǎng);測(cè)序精確度較差;成本高;
二代測(cè)序的建庫(kù)步驟③
三、末端修復(fù)和加A尾(以DNA文庫(kù)為例)
末端修復(fù):經(jīng)過(guò)片段化后的DNA末端可能是不平齊的,有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶,將這些末端補(bǔ)平,使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性,在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)存在下,可以將突出的末端補(bǔ)平。
加A尾:在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個(gè)A堿基。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備,一般使用Klenow片段(3'→5'外切酶活性缺失)在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng),這樣可以使DNA片段能夠高效地與帶有T-突出端的測(cè)序接頭連接。 二代測(cè)序的工作原理是什么?
二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展①
疾病診斷與***領(lǐng)域 :消化系統(tǒng)**標(biāo)志物檢測(cè):2024 年的**共識(shí)指出,二代測(cè)序(NGS)技術(shù)可同時(shí)檢測(cè)消化系統(tǒng)**中的多種標(biāo)志物,如錯(cuò)配修復(fù)基因變異、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)狀態(tài)、**突變負(fù)荷(TMB)等,為**的精細(xì)***提供了更***、準(zhǔn)確的信息。例如,MSI-H 的實(shí)體瘤患者可使用帕博利珠單抗進(jìn)行***,而 NGS 技術(shù)能更好地檢測(cè) MSI 狀態(tài)及相關(guān)耐藥機(jī)制。
**液體活檢:通過(guò)檢測(cè)血液中的循環(huán)** DNA(ctDNA)等標(biāo)志物,實(shí)現(xiàn)對(duì)**的早期篩查、診斷和***監(jiān)測(cè)。NGS 技術(shù)能夠更敏感地檢測(cè)到 ctDNA 中的基因突變和變異,為**的無(wú)創(chuàng)診斷提供了有力支持。
二代測(cè)序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量有多少?黑龍江二代測(cè)序流程
二代測(cè)序使用的是哪種設(shè)備?吉林二代測(cè)序原理
二代測(cè)序——蛋白質(zhì)甲基化
概念及位置:蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見(jiàn)的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸(Arg)和賴(lài)氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴(lài)氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發(fā)生甲基化時(shí),會(huì)招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物,從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性:某些酶的活性可以通過(guò)蛋白質(zhì)甲基化來(lái)調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。
檢測(cè)方法:質(zhì)譜分析:這是一種***用于檢測(cè)蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量,通過(guò)比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖,可以鑒定甲基化位點(diǎn)和修飾程度。 吉林二代測(cè)序原理
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