二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異①
**患者
優(yōu)勢:對于**患者,二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性相對較高,在**的診斷、***及監(jiān)測等方面應(yīng)用***。比如肺*患者,通過檢測**組織或血液中的基因突變,可準(zhǔn)確找到如EGFR、ALK等驅(qū)動基因突變,為靶向***提供依據(jù),其準(zhǔn)確率通常在90%以上。在軟組織**中,二代測序能檢測到**組織的基因信息,包括突變基因、基因表達(dá)情況等,幫助醫(yī)生更準(zhǔn)確地診斷病情,并制定個性化的***方案。
局限性:腫瘤細(xì)胞的異質(zhì)性會影響檢測準(zhǔn)確性,若樣本中腫瘤細(xì)胞比例低或存在多種類型細(xì)胞,可能導(dǎo)致部分基因突變漏檢,影響對**基因組全貌的評估。此外,血液樣本中循環(huán)**DNA含量低且釋放不穩(wěn)定,也會使檢測結(jié)果存在波動,影響準(zhǔn)確性 什么是二代測序技術(shù)?靜安區(qū)二代測序檢測
二代測序——基因組測序該測幾個G?③
基因組測序所需的測序量通常用數(shù)據(jù)量來衡量,一般以 G 為單位,不同的測序目的和基因組類型所需要的測序量有所不同。
微生物基因組測序細(xì)菌基因組:
細(xì)菌基因組
相對較小,一般在1M-10M之間,測序深度通常在50X-100X左右,數(shù)據(jù)量在0.05G-1G左右即可滿足基本的基因組組裝和變異檢測需求。
***基因組:***基因組大小差異較大,從幾M到上百M都有。對于較小的***基因組,測序深度在30X-50X左右,數(shù)據(jù)量在0.1G-5G之間;而對于較大的***基因組,可能需要適當(dāng)降低測序深度至10X-20X,數(shù)據(jù)量在1G-20G左右。 二代測序價格denovo測序是二代測序嗎?
二代測序的建庫步驟⑤
五、文庫富集(可選步驟)
PCR富集:對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況,可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補的引物進(jìn)行PCR擴增,增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中,需要注意引物的設(shè)計要與接頭序列準(zhǔn)確匹配,并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù),避免過度擴增導(dǎo)致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會通過預(yù)實驗確定合適的PCR循環(huán)數(shù),例如從10-15個循環(huán)開始嘗試,通過檢測擴增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來調(diào)整循環(huán)數(shù)。
二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異②
遺傳病患者及攜帶者
優(yōu)勢:在常見單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細(xì)胞貧血等的檢測中,二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性高,能夠快速、準(zhǔn)確地找到致病基因,對于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評估生育患病后代的風(fēng)險。
局限性:對于罕見遺傳病,由于基因突變的多樣性和復(fù)雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準(zhǔn)確解讀的情況,導(dǎo)致準(zhǔn)確性有所降低。此外,即使檢測結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 二代測序的工作原理是什么?
二代測序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展②
植物基因組學(xué)研究領(lǐng)域 :
花生四倍體野生種基因組測序:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)殷冬梅教授團(tuán)隊和上海交通大學(xué)韋朝春教授團(tuán)隊聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結(jié)合 ONT 超長讀段、二代測序和 Hi-C 等多種測序技術(shù),使基因組的連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性都得到了顯著提高,為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。
長雄野生稻基因組解析:中科院昆明動物所王文研究組與云南省農(nóng)科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機構(gòu)合作,利用二代測序技術(shù)成功組裝出高質(zhì)量的長雄野生稻基因組,并對其與近緣物種的分歧時間、基因的收縮擴張等進(jìn)行了分析,還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑,為解析相關(guān)分子機制提供了重要線索。 二代測序的成本比一代測序高嗎?靜安區(qū)二代測序檢測
二代測序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量有多少?靜安區(qū)二代測序檢測
二代測序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展③
技術(shù)優(yōu)化與創(chuàng)新領(lǐng)域
測序準(zhǔn)確性提高:通過改進(jìn)測序試劑、優(yōu)化測序反應(yīng)條件以及開發(fā)更先進(jìn)的數(shù)據(jù)分析算法,二代測序技術(shù)的準(zhǔn)確性不斷提升,能夠更可靠地檢測到低頻變異和復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異等。
成本進(jìn)一步降低:隨著技術(shù)的不斷成熟和市場競爭的加劇,二代測序的成本持續(xù)下降,使得更多的研究機構(gòu)和臨床實驗室能夠廣泛應(yīng)用該技術(shù),推動了基因組學(xué)研究和臨床診斷的發(fā)展。
法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域
遺傳標(biāo)記檢測:現(xiàn)有的二代測序技術(shù)平臺能夠完成 STR 遺傳標(biāo)記、SNP 遺傳標(biāo)記、mtDNA 及 mRNA 等遺傳標(biāo)記的測序,為法醫(yī)學(xué)個體識別、親緣關(guān)系鑒定等提供了更豐富、準(zhǔn)確的遺傳信息。
技術(shù)應(yīng)用挑戰(zhàn)與應(yīng)對:測序試劑盒中部分遺傳標(biāo)記的優(yōu)化、針對中國人群測序需求的試劑盒開發(fā)、數(shù)據(jù)采信標(biāo)準(zhǔn)的制定、測序數(shù)據(jù)分析軟件的優(yōu)化以及與現(xiàn)有法醫(yī)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫的對接等,是二代測序技術(shù)在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的關(guān)鍵,相關(guān)研究正在不斷推進(jìn)以解決這些問題 。 靜安區(qū)二代測序檢測