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常規(guī)HE染色技術(shù)服務(wù)檢測(cè)中心:專業(yè)、高效-生物醫(yī)學(xué)
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科技之光照亮生命奧秘-細(xì)胞熒光顯微鏡檢測(cè)服務(wù)檢測(cè)中心
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科研前沿的探索者-細(xì)胞遷移與侵襲實(shí)驗(yàn)服務(wù)檢測(cè)中心
③二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
3、測(cè)序深度和覆蓋度要求
測(cè)序深度是指每個(gè)堿基被測(cè)序的平均次數(shù),覆蓋度是指測(cè)序獲得的堿基占整個(gè)基因組(或目標(biāo)區(qū)域)的比例。如果要求高測(cè)序深度和高覆蓋度,比如進(jìn)行**全基因組的深度測(cè)序(測(cè)序深度可能達(dá)到100X甚至更高),需要更長(zhǎng)的測(cè)序時(shí)間來(lái)獲取足夠的數(shù)據(jù),并且后續(xù)的數(shù)據(jù)處理和分析也會(huì)更復(fù)雜。而對(duì)于一些簡(jiǎn)單的基因篩查項(xiàng)目,測(cè)序深度要求較低(如10X-20X),相應(yīng)的測(cè)序和分析時(shí)間會(huì)縮短。例如,低深度全外顯子測(cè)序用于篩查常見(jiàn)突變,測(cè)序可能在3-5天完成;而高深度的全外顯子測(cè)序用于檢測(cè)低頻體細(xì)胞突變,可能需要7-10天甚至更久。 單細(xì)胞測(cè)序也是二代測(cè)序。蘇州哪里有二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快?
病原微生物檢測(cè):一般來(lái)說(shuō),二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí),能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí),通??梢栽趲讉€(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果,相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法,時(shí)間大幅縮短,傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。
全基因組測(cè)序:如果是對(duì)人類全基因組進(jìn)行測(cè)序,以目前的技術(shù)水平,使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序,一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前,人類全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí),耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力,相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短,一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可以完成對(duì)大量 RNA 分子的測(cè)序和初步數(shù)據(jù)分析,進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8. 嘉安健達(dá)二代測(cè)序檢測(cè)二代測(cè)序使用的是哪種設(shè)備?
什么樣本可以做二代測(cè)序?③
細(xì)胞樣本
培養(yǎng)細(xì)胞:包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中,對(duì)培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如,在研究細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時(shí),對(duì)經(jīng)過(guò)特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,以分析基因表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)情況。
脫落細(xì)胞:如痰液中的脫落細(xì)胞、尿液中的脫落細(xì)胞等。這些細(xì)胞可以用于某些疾病的篩查。例如,在肺*篩查中,對(duì)痰液中的脫落細(xì)胞進(jìn)行基因檢測(cè),通過(guò)二代測(cè)序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變,作為一種非侵入性的檢測(cè)方法。
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程(上)
樣本采集和 RNA 提取
樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如,研究**組織的轉(zhuǎn)錄組,就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本,同時(shí)比較好有對(duì)應(yīng)的正常組織作為對(duì)照。RNA 提取方法有多種,常用的如 Trizol 法,它可以有效地從細(xì)胞或組織中提取總 RNA,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質(zhì)量至關(guān)重要,需要通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳或?qū)iT的 RNA 質(zhì)量檢測(cè)儀器來(lái)評(píng)估 RNA 的完整性和純度。
RNA 質(zhì)量檢測(cè)和定量
完整性方面,通常使用 RNA 完整性指數(shù)(RIN)來(lái)衡量。RIN 值越高(一般認(rèn)為 RIN > 7 是高質(zhì)量 RNA),說(shuō)明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過(guò)測(cè)量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來(lái)估計(jì) RNA 純度,比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料(如 Qubit)來(lái)更準(zhǔn)確地測(cè)量 RNA 濃度。
文庫(kù)構(gòu)建
首先要進(jìn)行mRNA富集,一般使用帶有poly-T的磁珠來(lái)特異性地捕獲mRNA,因?yàn)檎婧松飉RNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,再通過(guò)超聲或酶切等方法將cDNA片段化,片段大小通常在幾百個(gè)堿基對(duì)左右。之后在片段兩端連接上測(cè)序接頭,經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增來(lái)增加文庫(kù)的量,使其達(dá)到可以上機(jī)測(cè)序的要求。
二代測(cè)序是先打斷DNA,使其片段化。
二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異④
***性疾病患者
優(yōu)勢(shì):病原學(xué)二代測(cè)序可準(zhǔn)確檢測(cè)病原體的基因序**定病原體種類和基因型,為***性疾病的診斷和***提供依據(jù),在檢測(cè)罕見(jiàn)病原體、病毒***等方面具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì),有助于快速明確診斷,尤其是對(duì)于一些傳統(tǒng)檢測(cè)方法難以診斷的***性疾病,如不明原因的發(fā)熱、肺炎、腦膜炎等。
局限性:對(duì)于低豐度病原體,可能出現(xiàn)假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。樣本質(zhì)量、測(cè)序深度和數(shù)據(jù)分析方法等因素也會(huì)影響準(zhǔn)確性,若樣本中病原體含量低或雜質(zhì)多,可能導(dǎo)致檢測(cè)失敗或結(jié)果不準(zhǔn)確 二代測(cè)序的原理是什么?河南哪里有二代測(cè)序應(yīng)用
一代和二代測(cè)序的區(qū)別?蘇州哪里有二代測(cè)序價(jià)格
①二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
二代測(cè)序(Next-GenerationSequencing,NGS)出結(jié)果的時(shí)間會(huì)受到多種因素的影響,一般在數(shù)天到數(shù)周不等。
1、樣本類型和質(zhì)量
不同的樣本類型處理時(shí)間不同。例如,血液樣本相對(duì)容易處理,提取DNA的過(guò)程比較常規(guī)。如果是組織樣本,可能需要先進(jìn)行樣本的解離等復(fù)雜操作。如果樣本質(zhì)量高,DNA提取和文庫(kù)構(gòu)建等前期工作會(huì)比較順利,能加快整體進(jìn)程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質(zhì)量問(wèn)題,可能需要重新提取樣本或者進(jìn)行DNA修復(fù)等操作,這會(huì)**延長(zhǎng)時(shí)間。例如,對(duì)于新鮮血液樣本,DNA提取可能在1-2天內(nèi)完成;而對(duì)于一些福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本,可能需要3-5天來(lái)完成高質(zhì)量DNA的提取和后續(xù)的優(yōu)化處理。
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