長(zhǎng)片段PCR通常指擴(kuò)增大于5kb的DNA的片段。長(zhǎng)片段PCR傳統(tǒng)上使用TaqDNA聚合酶(為了快速延伸)和高保真酶(為了準(zhǔn)確度)的混合物。隨著高合成能力、高保真DNA聚合酶的發(fā)明,長(zhǎng)片段PCR現(xiàn)在可在短時(shí)間內(nèi)高準(zhǔn)確性的完成。通過與一個(gè)強(qiáng)DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合,聚合酶可獲得高擴(kuò)增能力,可在短時(shí)間內(nèi)擴(kuò)增長(zhǎng)片段(如>20kbgDNA的片段)。初次之外,極高保真度(如>100xTaq)可確保長(zhǎng)片段擴(kuò)增的低錯(cuò)誤率。當(dāng)擴(kuò)增>10kb的片段時(shí),PCR實(shí)驗(yàn)方案可能需要在以下5個(gè)關(guān)鍵位置進(jìn)行適當(dāng)優(yōu)化:確保使用高質(zhì)量、高純度的DNA樣本。如果DNA聚合酶的熱穩(wěn)定較低,使用更多量的DNA聚合酶以彌補(bǔ)多次循環(huán)中的聚合酶活性損失。降低退火和延伸步驟的溫度,以助于引物結(jié)合。適當(dāng)增加PCR步驟的時(shí)間,以促進(jìn)模板DNA的完全分離及引物的結(jié)合。適當(dāng)增加PCR延伸時(shí)間確保目的片段的全長(zhǎng)擴(kuò)增。英瀚斯生物,專業(yè)分子檢測(cè)平臺(tái),高質(zhì)量pcr檢測(cè)。江西什么是pcr怎么選擇
PCR設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:①引物長(zhǎng)度:15-30bp,常用為20bp左右。②引物擴(kuò)增跨度:以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長(zhǎng)至10kb的片段。③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC比較好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),否則會(huì)形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。⑤引物3'端的堿基,特別是較末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),被擴(kuò)增的靶序列比較好有適宜的酶切位點(diǎn),這對(duì)酶切分析或分子克隆很有好處。⑦引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫的其它序列無明顯同源性。引物量:每條引物的濃度0.1~1umol或10~100pmol,以比較低引物量產(chǎn)生所需要的結(jié)果為好,引物濃度偏高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性擴(kuò)增,且可增加引物之間形成二聚體的機(jī)會(huì)。安徽樣本pcr公司如何挑選pcr檢測(cè)試劑盒?
PCR的假陽性主要原因之一引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管及樣進(jìn)器頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性??苫ハ嗥唇?,與引物互補(bǔ)后,可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物,而導(dǎo)致假陽性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的MSP甲基化特異PCR介紹:一般調(diào)控區(qū)保持甲基化狀態(tài),基因不表達(dá)直接干擾轉(zhuǎn)錄因子和啟動(dòng)子識(shí)別位點(diǎn)的結(jié)合與轉(zhuǎn)錄抑制因子結(jié)合引起基因沉默改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)MSP甲基化特異PCR是用對(duì)苯二酚和亞硫酸氫鈉處理氫氧化鈉變性的基因組DNA,使得未甲基化的C轉(zhuǎn)化為T.按照C轉(zhuǎn)換T后的基因序列設(shè)計(jì)出來的引物擴(kuò)出目的基因。由于甲基化CpG島中的C不能被轉(zhuǎn)化為T,用以上的引物將不會(huì)擴(kuò)出目的基因。通過上述手段就能達(dá)到識(shí)別基因組DNA甲基化與否的目的。實(shí)時(shí)熒光定量PCR是什么原理?
PCR實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)的中心問題是如何避免污染。在實(shí)際工作中,常見的有以下幾種污染類型:擴(kuò)增產(chǎn)物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標(biāo)本間的污染。由于一旦發(fā)生污染,實(shí)驗(yàn)就必須停止,直到找到污染源為止,而且實(shí)驗(yàn)結(jié)果必須作廢,需重新進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。所以發(fā)生污染后再圍繞實(shí)驗(yàn)室來尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣,浪費(fèi)人力物力。因此要避免污染,首先應(yīng)是預(yù)防,而不是排除。PCR擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室原則上分為四個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域:試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。為避免交叉污染,進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行,即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)→擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。 各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過傳遞窗進(jìn)行。pcr檢測(cè)實(shí)驗(yàn)成功的訣竅!新疆樣本pcr外包
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PCR的假陽性主要原因之一出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增帶:PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致,或大或小,或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn),其原因:一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低,及PCR循環(huán)次數(shù)過多有關(guān)。其次是酶的質(zhì)和量,往往一些來源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來源的酶則不出現(xiàn),酶量過多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策有:必要時(shí)重新設(shè)計(jì)引物。減低酶量或調(diào)換另一來源的酶。降低引物量,適當(dāng)增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法(93℃變性,65℃左右退火與延伸)。PCR的假陽性主要原因之一出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。其對(duì)策有:減少酶量,或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。江西什么是pcr怎么選擇
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