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來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-07

PCR引物設(shè)計(jì)的原則PCR反應(yīng)中有兩條引物,即5′端引物和3′引物。設(shè)計(jì)引物時(shí)以一條DNA單鏈為基準(zhǔn)(常以信息鏈為基準(zhǔn)),5′端引物與位于待擴(kuò)增片段5′端上的一小段DNA序列相同;3′端引物與位于待擴(kuò)增片段3′端的一小段DNA序列互補(bǔ)。(1)引物設(shè)計(jì)的基本原則引物長(zhǎng)度:15-30bp,常用為20bp左右。引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過(guò)多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC比較好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。引物內(nèi)部不應(yīng)出現(xiàn)互補(bǔ)序列。兩個(gè)引物之間不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,尤其是避免3′端的互補(bǔ)重疊。引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過(guò)70%,引物3′末端連續(xù)8個(gè)堿基在待擴(kuò)增區(qū)以外不能有完全互補(bǔ)序列,否則易導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增。引物3‘端的堿基,特別是較末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),比較好選擇是G和C。引物的5′端可以修飾。如附加限制酶位點(diǎn),引入突變位點(diǎn),用生物素、熒光物質(zhì)、地高辛標(biāo)記,加入其它短序列,包括起始密碼子、終止密碼子等。pcr檢測(cè)樣本的保存要求與方法?江西熒光定量pcr公司

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PCR的假陽(yáng)性主要原因之一出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增帶:PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致,或大或小,或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn),其原因:一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過(guò)高、退火溫度過(guò)低,及PCR循環(huán)次數(shù)過(guò)多有關(guān)。其次是酶的質(zhì)和量,往往一些來(lái)源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來(lái)源的酶則不出現(xiàn),酶量過(guò)多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策有:必要時(shí)重新設(shè)計(jì)引物。減低酶量或調(diào)換另一來(lái)源的酶。降低引物量,適當(dāng)增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法(93℃變性,65℃左右退火與延伸)。PCR的假陽(yáng)性主要原因之一出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過(guò)多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過(guò)高,Mg2+濃度過(guò)高,退火溫度過(guò)低,循環(huán)次數(shù)過(guò)多引起。其對(duì)策有:減少酶量,或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。浙江細(xì)胞pcr要多久pcr檢測(cè)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)如何分析?

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PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的錨定PCR(AnchoredPCR)介紹:錨定PCR主要用于分析具有可變末端的DNA序列,Loh等用A-PCR對(duì)人外周血淋巴細(xì)胞T細(xì)胞受體α-鏈的mRNA的多變性進(jìn)行了分析。先合成cDNA,并用末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶在其3’-可變區(qū)末端加上一個(gè)PolyG尾巴。Loh等恒定區(qū)與可變區(qū)連接部位設(shè)一個(gè)引物,另一個(gè)引物是一個(gè)具5’-polyG尾巴的引物。帶有PolyG尾巴的引物是一個(gè)固定點(diǎn),它可以并與PolyG尾巴結(jié)合,無(wú)論其余部分序列如何,只識(shí)別片段末端,利用此法可從前述mRNA中檢出至少20種不同序列,每一種都是獨(dú)特的,表明A-PCR不對(duì)任何特殊序列有傾向性結(jié)果,可用于T細(xì)胞及其它部位抗體基因的研究。

PCR原理:PCR是在試管中進(jìn)行的DNA復(fù)制反應(yīng),基本原理是依據(jù)細(xì)胞內(nèi)DNA半保留復(fù)制的機(jī)理,以及體外DNA分子于不同溫度下雙鏈和單鏈可以互相轉(zhuǎn)變的性質(zhì),人為地控制體外合成系統(tǒng)的溫度,以促使雙鏈DNA變成單鏈,單鏈DNA與人工合成的引物退火,然后耐熱DNA聚合酶以dNTP為原料使引物沿著單鏈模板延伸為雙鏈DNA。PCR全過(guò)程每一步的轉(zhuǎn)換是通過(guò)溫度的改變來(lái)控制的。需要重復(fù)進(jìn)行DNA模板解鏈、引物與模板DNA結(jié)合、DNA聚合酶催化新生DNA的合成,即高溫變性、低溫退火、中溫延伸3個(gè)步驟構(gòu)成PCR反應(yīng)的一個(gè)循環(huán),此循環(huán)的反復(fù)進(jìn)行,就可使目的DNA得以迅速擴(kuò)增。DNA模板變性:模板雙鏈DNA?單鏈DNA,94℃。退火:引物+單鏈DNA?雜交鏈,引物的Tm值。引物的延伸:溫度至70℃左右,TaqDNA聚合酶以4種dNTP為原料,以目的DNA為模板,催化以引物3’末端為起點(diǎn)的5’→3’DNA鏈延伸反應(yīng),形成新生DNA鏈。新合成的引物延伸鏈經(jīng)過(guò)變性后又可作為下一輪循環(huán)反應(yīng)的模板PCR,就是如此反復(fù)循環(huán),使目的DNA得到高效快速擴(kuò)增。一步法熒光定量pcr在哪做?

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PCR的假陽(yáng)性主要原因之一引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽(yáng)性。這種假陽(yáng)性可用以下方法解決:操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管及樣進(jìn)器頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性??苫ハ嗥唇樱c引物互補(bǔ)后,可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物,而導(dǎo)致假陽(yáng)性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來(lái)減輕或消除。pcr儀的使用說(shuō)明是什么?山東有哪些pcr公司

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pcr防止污染的方法(一)合理分隔實(shí)驗(yàn)室:將樣品的處理、配制PCR反應(yīng)液、PCR循環(huán)擴(kuò)增及PCR產(chǎn)物的鑒定等步驟分區(qū)或分室進(jìn)行。(二)吸樣器:吸樣器污染是一個(gè)值得注意的問(wèn)題。由于操作時(shí)不慎將樣品或模板核酸吸入器內(nèi)或粘上器頭是一個(gè)嚴(yán)重的污染源,因而加樣或吸取模板核酸時(shí)要十分小心。(三)預(yù)混和分裝PCR試劑:所有的PCR試劑都應(yīng)小量分裝,如有可能,PCR反應(yīng)液應(yīng)預(yù)先配制好,然后小量分裝,-20℃保存。以減少重復(fù)加樣次數(shù),避免污染機(jī)會(huì)。另外,PCR試劑,PCR反應(yīng)液應(yīng)與樣品及PCR產(chǎn)物分開保存,不應(yīng)放于同一冰盒或同一冰箱。(四)防止操作人員污染,使用一次性手套、吸頭、小離心管應(yīng)一次性使用。(五)設(shè)立適當(dāng)?shù)年?yáng)性對(duì)照和陰性對(duì)照,陽(yáng)性對(duì)照以能出現(xiàn)擴(kuò)增條帶的比較低量的標(biāo)準(zhǔn)病原體核酸為宜,并注意交叉污染的可能性,每次反應(yīng)都應(yīng)有一管不加模板的試劑對(duì)照及相應(yīng)不含有被擴(kuò)增核酸的樣品作陰性對(duì)照。(六)減少PCR循環(huán)次數(shù),只要PCR產(chǎn)物達(dá)到檢測(cè)水平就適可而止。(七)選擇質(zhì)量好的Eppendorf管,以避免樣本外溢及外來(lái)核酸的進(jìn)入,打開離心管前應(yīng)先離心,將管壁及管蓋上的液體甩至管底部。江西熒光定量pcr公司

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