RIP實(shí)驗(yàn)步驟通常包括:
1. 細(xì)胞收集與交聯(lián):培養(yǎng)細(xì)胞至適當(dāng)密度。使用交聯(lián)劑(如甲醛)進(jìn)行交聯(lián),以固定蛋白質(zhì)-RNA復(fù)合物。
2. 細(xì)胞裂解:收集細(xì)胞并進(jìn)行裂解,釋放RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。在裂解過程中添加蛋白酶抑制劑以防止蛋白質(zhì)降解。
3. 超聲處理:使用超聲波破壞細(xì)胞,獲得更小的染色質(zhì)片段,這有助于后續(xù)步驟中抗體的接觸。
4. 除去細(xì)胞碎片:通過離心去除細(xì)胞碎片和未裂解的細(xì)胞,收集含RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的上清液。
5. 免疫沉淀:將針對(duì)特定RNA結(jié)合蛋白(RBP)的抗體加入到上清液中。孵育一段時(shí)間,使抗體與目標(biāo)蛋白充分結(jié)合。
6. 捕獲免疫復(fù)合物:添加蛋白A或蛋白G結(jié)合的磁珠或瓊脂糖珠。孵育使抗體-蛋白質(zhì)-RNA復(fù)合物與珠子結(jié)合。
7. 洗滌:多次洗滌珠子以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)和RNA。
8. 洗脫與逆轉(zhuǎn)交聯(lián):使用適當(dāng)?shù)木彌_液洗脫免疫復(fù)合物。使用蛋白酶K處理樣品以逆轉(zhuǎn)交聯(lián),釋放RNA。
9. RNA提取與純化:從免疫沉淀樣品中提取RNA,并進(jìn)行純化。
10. RNA分析:使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA,以確定與目標(biāo)蛋白相互作用的RNA種類。
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免疫沉淀純化所得抗原量低有多種原因,
A. 純化所得抗原量低
1. 抗原結(jié)合水平低
IP 應(yīng)用中出現(xiàn)低抗原結(jié)合水平的可能原因有很多,結(jié)合反應(yīng)所使用的溶液是重要原因之一。必須使用適合的緩沖液,有特定的pH和鹽濃度,可能還需要添加互作所需的輔助因子。IP 或Co-IP 中用于純化的抗體是影響得率的另一個(gè)重要因素。如果抗體本身易失活或與抗原結(jié)合微弱,則可能很難找到足夠溫和的條件,即能產(chǎn)生結(jié)合,又能保證在孵育和洗滌過程中結(jié)合可以穩(wěn)定保持。
2. 抗原洗脫水平低
在某些情況下,抗原與抗體或結(jié)合蛋白結(jié)合之間可能會(huì)發(fā)生極強(qiáng)的相互作用,傳統(tǒng)的洗脫緩沖液無法將其破壞。如果需要使用溫和洗脫緩沖液收集功能性抗原,則上述矛盾尤為突出。
南京anti Flag免疫沉淀磁珠原理免疫沉淀技術(shù)的實(shí)驗(yàn)方法。
Co-IP(免疫共沉淀)技術(shù)主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用,其應(yīng)用場景如下:
1. 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的鑒定:Co-IP可用于構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)目標(biāo)蛋白的結(jié)合伙伴。
2. 信號(hào)傳導(dǎo)途徑的研究:通過Co-IP技術(shù),科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了許多關(guān)鍵的細(xì)胞信號(hào)通路,如MAPK和PI3K/Akt通路等,為深入理解這些通路的功能和調(diào)控機(jī)制提供了重要線索。
3. 藥物靶點(diǎn)篩選:利用Co-IP技術(shù),研究人員可以篩選潛在的藥物靶點(diǎn)。
疾病機(jī)制研究:通過分析疾病相關(guān)蛋白質(zhì)的相互作用,Co-IP有助于揭示疾病的分子機(jī)制。
4. 抗體藥物開發(fā):Co-IP可用于研究抗體藥物與其靶標(biāo)蛋白的結(jié)合特性,評(píng)估抗體藥物的親和力和特異性。
5. 轉(zhuǎn)錄因子研究:Co-IP技術(shù)可以用于研究轉(zhuǎn)錄因子與蛋白質(zhì)的相互作用,進(jìn)而揭示基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
染色質(zhì)免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)技術(shù)是目前公認(rèn)的研究此相互作用的選擇,是真核生物基因表達(dá)機(jī)制研究中不可或缺的技術(shù)之一。
它的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下,固定蛋白質(zhì)-DNA(染色質(zhì))復(fù)合物,并將其切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段,然后通過免疫學(xué)方法(抗體親和)沉淀此復(fù)合體,特異性地富集目的蛋白結(jié)合的 DNA,通過對(duì)目的片段的純化與后期檢測,從而獲得蛋白質(zhì)與 DNA 相互作用的信息。
這項(xiàng)技術(shù)通過蛋白質(zhì)與DNA互作來分析目標(biāo)基因活性以及已知蛋白質(zhì)的靶基因,被廣泛應(yīng)用于體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與靶基因啟動(dòng)子上特異核苷酸序列結(jié)合方面的研究。該技術(shù)常與DNA芯片和分子克隆技術(shù)相結(jié)合。
免疫沉淀技術(shù)IP是什么?
免疫沉淀實(shí)驗(yàn)步驟:
1. 樣品制備
a. 懸浮細(xì)胞樣品處理:離心收集細(xì)胞(4℃, 1000g, 5 min),用手指把細(xì)胞用力彈散。按照6孔板每孔細(xì)胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液(裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail,使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×)。混勻后置于冰上處理10 min;離心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上備用(或置于-20℃長期保存)。
b. 貼壁細(xì)胞樣品處理:移去培養(yǎng)基,用PBS清洗細(xì)胞兩遍;用細(xì)胞刮棒刮脫細(xì)胞,收集至1.5mL EP管內(nèi),按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液(裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail,使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×)。吹打數(shù)下,使裂解液和細(xì)胞充分接觸?;靹蚝笾糜诒咸幚?0 min;離心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上備用(或置于-20℃長期保存)。
4. 后續(xù):磁珠預(yù)處理——抗體吸附——抗原結(jié)合反應(yīng)——抗體洗脫
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RNA免疫沉淀技術(shù)(RIP)是一種研究RNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要方法,其應(yīng)用領(lǐng)域主要包括:
1. 轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究:RIP技術(shù)可以幫助研究者了解RNA在轉(zhuǎn)錄后水平如何被調(diào)控。
2. 表觀遺傳調(diào)控:RIP技術(shù)用于研究RNA結(jié)合蛋白(RBPs)在表觀遺傳調(diào)控中的作用。
3. 非編碼RNA功能研究:RIP技術(shù)可以用來研究長非編碼RNA(lncRNA)、miRNA和其他小RNA的種類,以及它們?nèi)绾闻c蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)控基因表達(dá)。
4. RNA病毒研究:RIP技術(shù)也可用于研究RNA病毒與其宿主細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用,進(jìn)而了解病毒復(fù)制和致病機(jī)制。
5. RNA修飾和甲基化研究:RIP技術(shù)結(jié)合其他技術(shù)如m5C-RIP-seq,可用于研究RNA甲基化修飾及其在病理過程中的作用。
6. RNA定位和穩(wěn)定性:通過RIP技術(shù),研究者可以探索特定RNA在細(xì)胞內(nèi)的定位以及它們?nèi)绾伪环€(wěn)定或降解。
7. RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的鑒定:RIP技術(shù)可以用來鑒定與特定RNA結(jié)合的蛋白質(zhì),從而揭示RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的組成。
8. 疾病相關(guān)RNA研究:RIP技術(shù)在疾病相關(guān)RNA的研究中也有應(yīng)用。
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在CYTOCH的理念中,化學(xué)與生物的結(jié)合是提升產(chǎn)品性能的關(guān)鍵?;瘜W(xué)技術(shù)的進(jìn)步為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供了更多的可能性,使得相關(guān)實(shí)驗(yàn)結(jié)果更為靈敏、準(zhǔn)確。為了在細(xì)胞研究領(lǐng)域取得技術(shù)性突破,CYTOCH研發(fā)團(tuán)隊(duì)不斷嘗試將新型的化學(xué)技術(shù)與生物技術(shù)相融合。CYTOCH在細(xì)胞領(lǐng)域所進(jìn)行的已有技術(shù)的持續(xù)突破、新技術(shù)的創(chuàng)新研發(fā)、化學(xué)與生物技術(shù)的不斷碰撞結(jié)合,使得CYTOCH產(chǎn)品在臨床診斷、藥物研發(fā)和科研教育等領(lǐng)域都具有廣泛的應(yīng)用前景。
在保證研發(fā)驅(qū)動(dòng)力的前提下,為確保產(chǎn)品質(zhì)量的穩(wěn)定與可靠以及產(chǎn)品的使用性,CYTOCH對(duì)原料供應(yīng)商進(jìn)行嚴(yán)格審計(jì)和把關(guān),選擇品質(zhì)優(yōu)良的原料進(jìn)行后續(xù)產(chǎn)品生產(chǎn)。 在生產(chǎn)過程中,CYTOCH對(duì)生產(chǎn)人員資質(zhì)、生產(chǎn)環(huán)境、生產(chǎn)過程、生產(chǎn)物料進(jìn)行嚴(yán)格把控。后續(xù)的產(chǎn)品質(zhì)檢、入庫出庫均嚴(yán)格按照企業(yè)內(nèi)控標(biāo)準(zhǔn)由質(zhì)量和倉庫物流人員進(jìn)行層層把關(guān),確保每一批出廠產(chǎn)品質(zhì)量都處于行業(yè)前端水平。