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上海種子基因脫靶檢測實驗室

來源: 發(fā)布時間:2024-04-09

采用基因編輯技術制備的細胞產(chǎn)品。對于采用基因編輯技術制備的基因修飾細胞產(chǎn)品,應進行體外在靶和脫靶活性評估,以確認修飾酶或向導RNA對靶基因序列的特異性。在評估基因編輯的脫靶風險時,應說明所選擇的評價策略的合理性和敏感性。雖然采用計算機分析預測基因編輯的潛在脫靶位點,并對潛在脫靶位點進行深度測序分析,可用于評估基因編輯的脫靶風險;但選擇的評價策略仍應包含體外全基因組測序比對,以證明潛在脫靶位點未出現(xiàn)脫靶。此外,在評估脫靶活性時,還應評估種屬特異性的差異、細胞病理生理狀態(tài)的差異或細胞類型的差異對非臨床數(shù)據(jù)預測性的影響。必要時,還應分析基因編輯對細胞表型和生理功能的潛在影響。種子基因脫靶檢測,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結果準確率高。上海種子基因脫靶檢測實驗室

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CRISPR/Cas系統(tǒng)是細菌和古細菌在不斷進化的過程中產(chǎn)生的適應性免疫防御機制,它應用CRISPR RNA(crRNA)以堿基互補的形式引導相應的Cas蛋白識別入侵的外源基因組,并對其DNA進行剪切,用以保護自身的基因組免受外源核酸如噬菌體、病毒等的干擾和破壞。經(jīng)過人為改造后,可在真核細胞中實現(xiàn)高度靈活且特異的基因組編輯,通過設計特異性向導RNA(Single guide RNA, sgRNA)序列與靶序列進行堿基配對,從而引導Cas蛋白結合到靶序列處,行使DNA切割功能,然后利用細胞的非同源性末端連接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重組(Homologous recombination,HR)修復機制對斷裂的DNA進行插入缺失(Indel)、修復(Repair)或替換(Replacement)。由于其相對于鋅指核酸酶(ZFNs)和轉錄jihuo因子樣效應物核酸酶(TALENs)技術更易于操作,而且更高效,因而被廣運用于對基因組特定位點進行靶向編輯。常州種子基因脫靶檢測評估影響CRISPR靶向性效率和特異性的因素有哪些?

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GUIDE-Seq脫靶評估技術的優(yōu)勢分析鼓潤致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測工作,為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標準化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢:實用性強:能反映CRISPR在真核細胞中進行基因編輯的在靶與脫靶情況,以進行安全性和有效性評價;檢測通量高:一次能檢測多個樣本的在靶與脫靶情況,并通過優(yōu)化的標簽設計,降低實際的測序reads數(shù)量;準確性高:絕大部分檢測結果可被驗證;靈敏度高:能夠高效檢測出低頻脫靶位點,檢測低至0.1%的脫靶突變;實驗難度低:操作過程簡單易行細胞適應性強。

Guide-seq原理圖,Discover-seq細胞內的脫靶切割一般無法直接捕獲,除了Guide-seq這種連接dsODN來間接記錄脫靶位點的方法外,研究者們還想出一種蛋白介導的方法Discover-seq。由于DNA雙鏈斷裂后細胞會啟動DNA修復機制,大量蛋白參與到斷裂處的修復,所以研究者就對相關蛋白進行篩選,找到其中MRE11結合DNA的位點與DNA雙鏈斷裂的相關性比較好。DISCOVER-seq便是通過MRE11的CHIP-seq(染色質免疫共沉淀)來反映CRISPR的脫靶位點。。。。值得收藏的CRISPR脫靶檢測方法。

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檢測方法的敏感度、特異性和可重復性應經(jīng)過驗證,并設計適當?shù)年栃院完幮詫φ眨划旙w內靶細胞或替代細胞中載體序列陽性的比例超出預期范圍時,應開展克隆性生長的評估。如果存在優(yōu)勢克隆或單克隆生長,應在不超過3個月的時間內再次檢測確認,并盡快開展整合位點的分析。當載體的整合位點確定后,應與人類基因組數(shù)據(jù)庫及基因組的其他數(shù)據(jù)庫等進行比較,確定整合位點的基因功能,評估是否與包括zheng在內的任何疾病有關。如果受試者體內出現(xiàn)載體陽性細胞的克隆性生長,或檢測發(fā)現(xiàn)基因整合位點在基因或相關基因附近,應縮短檢測間隔至不超過3個月并密切監(jiān)測惡性liu征兆,直至檢測不到基因zhiliao載體。隨著脫靶影響因素、降低策略及脫靶檢測技術研究的不斷深入,未來CRISPR/Cas9系統(tǒng)將在更多領域造福人類。無錫高精度脫靶檢測評估

脫靶檢測簡單有效的方法之一是全基因組測序法。上海種子基因脫靶檢測實驗室

當基因zhiliao產(chǎn)品在生殖qiguan持續(xù)存在時,需要進一步研究確定其在生殖細胞(例如卵母細胞、精子)的暴露水平。根據(jù)載體類型、復制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評估基因zhiliao產(chǎn)品生殖系整合風險。遺傳毒性,基因zhiliao產(chǎn)品將遺傳物質轉移到宿主細胞內或整合到宿主基因組中或對宿主基因組進行編輯,存在潛在的遺傳毒性風險。目前對于判斷細胞基因組插入/修飾是否會產(chǎn)生遺傳毒性、是否較終會發(fā)生變依然還缺乏系統(tǒng)的認知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質整合進基因組、對基因組編輯等)的特征,并評估相關潛在風險。上海種子基因脫靶檢測實驗室

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