近幾年,細(xì)胞和基因zhiliao(cell & gene therapy,CGT)領(lǐng)域發(fā)展迅猛,在多個(gè)方向取得了重大突破,以anti-CD19和BCMA為代的多種CAR-T免疫細(xì)胞療法攻克了一部分血液瘤,多種AAV療法也給一些難以成藥的罕見病提供了有效的zhiliao方案。另一方面,基于CRISPR基因編輯技術(shù)的眾多基因療法也進(jìn)展迅速,較早體外基因編輯療法較快今年年底能夠上市(CRISPR Therapeutics CTX001),體內(nèi)基因編輯療法取得了不錯(cuò)的臨床數(shù)據(jù)(Intellia Therapeutics NTLA-2001),使用CRISPR技術(shù)制造的通用型CAR-T療法也是免疫細(xì)胞療法發(fā)展的一大趨勢(Caribou Biosciences CB-010)。脫靶檢測在揭示CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶機(jī)制以及進(jìn)一步提高系統(tǒng)靶向性的研究中具有重要作用。溫州基因編輯脫靶檢測安全性評(píng)價(jià)
GUIDE-Seq脫靶評(píng)估技術(shù)的優(yōu)勢分析鼓潤致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測工作,為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標(biāo)準(zhǔn)化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢:實(shí)用性強(qiáng):能反映CRISPR在真核細(xì)胞中進(jìn)行基因編輯的在靶與脫靶情況,以進(jìn)行安全性和有效性評(píng)價(jià);檢測通量高:一次能檢測多個(gè)樣本的在靶與脫靶情況,并通過優(yōu)化的標(biāo)簽設(shè)計(jì),降低實(shí)際的測序reads數(shù)量;準(zhǔn)確性高:絕大部分檢測結(jié)果可被驗(yàn)證;靈敏度高:能夠高效檢測出低頻脫靶位點(diǎn),檢測低至0.1%的脫靶突變;實(shí)驗(yàn)難度低:操作過程簡單易行細(xì)胞適應(yīng)性強(qiáng)。off-target脫靶檢測方法如何檢測是否發(fā)生脫靶?
通常不需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的遺傳毒性組合試驗(yàn),但應(yīng)根據(jù)基因zhiliao產(chǎn)品的特點(diǎn)、產(chǎn)品的具體適應(yīng)癥、載體的已有信息、導(dǎo)入基因序列結(jié)構(gòu)等,評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開展另外的遺傳毒性研究,如研究基因組修飾的發(fā)生情況,并檢測隨后可能發(fā)生的異常細(xì)胞行為;評(píng)估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品采用基因編輯或轉(zhuǎn)座子技術(shù)時(shí),需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。
由于設(shè)計(jì)的sgRNA會(huì)與非靶點(diǎn)DNA序列錯(cuò)配,引入非預(yù)期的基因突變,即脫靶效應(yīng)(Off-targeteffects)。脫靶效應(yīng)造成了研究中的許多不確定性,這無疑限制了該技術(shù)的應(yīng)用。因此,研究者希望能開發(fā)有效的方法來檢測脫靶效應(yīng)。在目前主流的脫靶效應(yīng)評(píng)估方法中,有一種方法為GUIDE-seq,其原理是利用一種短的雙鏈寡聚核苷酸(dsODN)標(biāo)記CRISPR/Cas誘導(dǎo)的脫靶斷裂,然后對(duì)標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域進(jìn)行高通量測序,通過生物信息學(xué)分析從而確定脫靶位點(diǎn)。利用該技術(shù)可以在基因組范圍內(nèi)檢測CRISPR脫靶效應(yīng),從而改變了以往先預(yù)測假定脫靶位點(diǎn)再檢測的思路;與其他的評(píng)估方法相比,GUIDE-seq更精確、更靈敏?;蚓庉嬁梢浴改拇蚰摹?四種脫靶檢測方法。
Cas9蛋白是一種切割外來DNA的酶,像一把分子剪刀。該蛋白通常與兩個(gè)RNA分子結(jié)合:crRNA和另一個(gè)稱為tracrRNA(或“反式j(luò)ihuocrRNA”)。這兩個(gè)RNA分子引導(dǎo)Cas9到它將進(jìn)行切割的目標(biāo)部位。這段DNA是與crRNA的20個(gè)核苷酸互補(bǔ)的。CRISPR技術(shù)是從細(xì)菌和古細(xì)菌的自然防御機(jī)制中改編而來的。這些生物體使用CRISPR衍生的RNA和各種Cas蛋白,包括Cas9,來阻止病毒和其他異物的攻擊。它們主要通過切碎和破壞外來入侵者的DNA來做到這一點(diǎn)。當(dāng)這些組件被轉(zhuǎn)移到其他更復(fù)雜的生物體中時(shí),它允許對(duì)基因進(jìn)行操縱,或“編輯”。脫靶切割位點(diǎn)已在基因編輯技術(shù),CRISPR / Cas9,ZFNs和TALEN。上海定量脫靶檢測評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)
種子基因脫靶檢測機(jī)構(gòu)推薦唯可。溫州基因編輯脫靶檢測安全性評(píng)價(jià)
對(duì)于基因修飾細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品,充分的非臨床研究是為了:(1)闡明基因修飾的目的、功能以及產(chǎn)品的作用機(jī)制,明確其在擬定患者人群中使用的生物學(xué)合理性;(2)為臨床試驗(yàn)的給藥途徑、給藥程序、給藥劑量的選擇提供支持性依據(jù);(3)根據(jù)潛在風(fēng)險(xiǎn)因素,闡明毒性反應(yīng)特征,預(yù)測人體可能出現(xiàn)的不良反應(yīng),確定不良反應(yīng)的臨床監(jiān)測指標(biāo),為制定臨床風(fēng)險(xiǎn)控制措施提供參考依據(jù)。因此,應(yīng)充分開展非臨床研究,收集用于風(fēng)險(xiǎn)獲益評(píng)估的信息,以確立擬開發(fā)產(chǎn)品在目標(biāo)患者人群中預(yù)期具有合理的、可接受的獲益風(fēng)險(xiǎn)比,同時(shí)為臨床試驗(yàn)的設(shè)計(jì)和風(fēng)險(xiǎn)控制策略的制定提供支持性依據(jù)。溫州基因編輯脫靶檢測安全性評(píng)價(jià)
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