當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品在生殖qiguan持續(xù)存在時(shí),需要進(jìn)一步研究確定其在生殖細(xì)胞(例如卵母細(xì)胞、精子)的暴露水平。根據(jù)載體類型、復(fù)制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評估基因zhiliao產(chǎn)品生殖系整合風(fēng)險(xiǎn)。遺傳毒性,基因zhiliao產(chǎn)品將遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移到宿主細(xì)胞內(nèi)或整合到宿主基因組中或?qū)λ拗骰蚪M進(jìn)行編輯,存在潛在的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。目前對于判斷細(xì)胞基因組插入/修飾是否會(huì)產(chǎn)生遺傳毒性、是否較終會(huì)發(fā)生變依然還缺乏系統(tǒng)的認(rèn)知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質(zhì)整合進(jìn)基因組、對基因組編輯等)的特征,并評估相關(guān)潛在風(fēng)險(xiǎn)。影響CRISPR靶向性效率和特異性的因素有哪些?南京高精度脫靶檢測guide-sequence
細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等?;诨蛐揎椉?xì)胞的產(chǎn)品種類繁多、各有特點(diǎn),除上述一般技術(shù)要求外,還應(yīng)基于產(chǎn)品的性進(jìn)行相應(yīng)的特殊考慮。本指導(dǎo)原則列舉了以下三種情形的特殊考慮。嘉興基因療法脫靶檢測CRO脫靶檢測評估標(biāo)準(zhǔn),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
基因編輯產(chǎn)品除了適用基因zhiliao產(chǎn)品的一般考慮以及整合性載體的特殊考慮外,長期隨訪中還應(yīng)額外關(guān)注脫靶風(fēng)險(xiǎn),量化評估脫靶活性和在靶活性之間的相關(guān)性,或利用在靶活性來預(yù)測脫靶活性的水平。在開發(fā)過程中應(yīng)同時(shí)關(guān)注基因轉(zhuǎn)導(dǎo)效率、脫靶效率、插入突變情況、目的基因在靶細(xì)胞中整合位點(diǎn)及表達(dá)。評估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開展另外的遺傳毒性研究,評估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。非臨床研究是藥物開發(fā)的重要環(huán)節(jié)之一。
Guide-seq原理圖,Discover-seq細(xì)胞內(nèi)的脫靶切割一般無法直接捕獲,除了Guide-seq這種連接dsODN來間接記錄脫靶位點(diǎn)的方法外,研究者們還想出一種蛋白介導(dǎo)的方法Discover-seq。由于DNA雙鏈斷裂后細(xì)胞會(huì)啟動(dòng)DNA修復(fù)機(jī)制,大量蛋白參與到斷裂處的修復(fù),所以研究者就對相關(guān)蛋白進(jìn)行篩選,找到其中MRE11結(jié)合DNA的位點(diǎn)與DNA雙鏈斷裂的相關(guān)性比較好。DISCOVER-seq便是通過MRE11的CHIP-seq(染色質(zhì)免疫共沉淀)來反映CRISPR的脫靶位點(diǎn)。。。。針對各類脫靶檢測方法存在的問題,開發(fā)了一種普遍適用的無偏脫靶識(shí)別方法DISCOVER-Seq。
R-loop seq雖然不是一種真正意義上的脫靶位點(diǎn)檢測方法,但能為堿基編輯脫氨酶的脫靶提供一種度量方法,以便于之后的脫氨酶點(diǎn)突變優(yōu)化,來降低脫靶的發(fā)生幾率。2) Detect-seqCRISPR衍生技術(shù)由于其復(fù)雜性,檢測其脫靶位點(diǎn)的hexin思路是捕獲實(shí)驗(yàn)過程中的關(guān)鍵中間產(chǎn)物或者終產(chǎn)物。這種設(shè)計(jì)思路下,目前較為成功的是檢測堿基編輯CBE脫靶位點(diǎn)的Detect-seq[13]。CBE的原理是將dC脫氨變?yōu)閐U,迫使其對側(cè)的dG變?yōu)閐A,較終將堿基對從C-G轉(zhuǎn)變?yōu)門-A。Detect-seq便是針對中間態(tài)的dU,使用Uracil DNA Glycosylase (UDG),去除U堿基后,替換為帶Biotin的U堿基,捕獲堿基編輯的脫靶位點(diǎn),并且sgRNA依賴和sgRNA不依賴的脫靶位點(diǎn)都能找到。該方法類似檢測DNA甲基化的重亞硫酸鹽測序法,通過處理特定的堿基,可以捕獲全基因組上的CBE脫靶位點(diǎn)。選擇潛在的脫靶位點(diǎn),例如選擇gRNA預(yù)測網(wǎng)站上Top 5潛在脫靶位點(diǎn),進(jìn)行Sanger測序單克??;連云港crispr/cas9脫靶檢測企業(yè)
針對已經(jīng)獲得的有切割能力的sgRNA,需要進(jìn)一步明確其體內(nèi)脫靶效應(yīng)。南京高精度脫靶檢測guide-sequence
但是由于CHIP-seq實(shí)驗(yàn)本身的難度較高,DISCOVER-seq這類方法的接受度并不高。3. 其他特殊方法CRISPR技術(shù)經(jīng)過這么多年的發(fā)展,其應(yīng)用已經(jīng)不局限于造成DNA雙鏈斷裂,一些不要切割DNA雙鏈的CRISPR衍生技術(shù)(如堿基編輯、先導(dǎo)編輯和CRISPRi/a),可以在不引發(fā)隨機(jī)突變的情況下,對基因組進(jìn)行精細(xì)編輯或者調(diào)控。這些技術(shù)所使用nCas9或dCas9只結(jié)合或者切割雙鏈中的一條鏈,之前的脫靶檢測方法都不能直接適用。這些CRISPR衍生技術(shù)中,CRISPR產(chǎn)生的脫靶可以被細(xì)分為兩個(gè)部分,其一是Cas9/sgRNA結(jié)合DNA導(dǎo)致的脫靶,這部分信息使用同樣序列的sgRNA進(jìn)行野生型Cas9脫靶位點(diǎn)檢測能夠間接得到南京高精度脫靶檢測guide-sequence