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浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2024-06-14

gRNA的長(zhǎng)度和錯(cuò)配: 17個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長(zhǎng)度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類(lèi)細(xì)胞中減少潛在脫靶效應(yīng)的指導(dǎo)方針:1) 應(yīng)避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過(guò)3個(gè)錯(cuò)配;2) 在PAM的12 bp內(nèi),應(yīng)避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應(yīng)。gRNA的化學(xué)修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦?;宜狨?huì)導(dǎo)致位點(diǎn)特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時(shí)保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應(yīng)。挑選前面的潛在脫靶位點(diǎn),通過(guò)PCR測(cè)序驗(yàn)證是否脫靶。浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)

浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn),脫靶檢測(cè)

先導(dǎo)編輯器:CBE和ABE組合使用可以有效地進(jìn)行4種堿基轉(zhuǎn)換(C→T, G→A, A→G, T→C),而無(wú)需產(chǎn)生DSB,然而除了這4種堿基轉(zhuǎn)換,對(duì)另外8種堿基轉(zhuǎn)換(C→A, C→G, G→C, G→T, A→C, A→T, T→A, T→G)以及堿基的插入和缺失,依然缺乏有效的研究工具。先導(dǎo)編輯器(Prime Editor, PE),PE在不依賴(lài)DSB和供體DNA的條件下便可有效實(shí)現(xiàn)所有12種堿基轉(zhuǎn)換,此外還能有效實(shí)現(xiàn)多堿基的精細(xì)插入(較多可插入44bp)和刪除(較多刪除80bp)。> 抗CRISPR蛋白??笴RISPR(Acr)蛋白是天然的CRISPR/Cas系統(tǒng)抑制劑,由各種可移動(dòng)遺傳元件(MGEs)編碼,在不同階段抑制CRISPR-Cas的免疫功能。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了多達(dá)45個(gè)Acr蛋白,其中 "AcrIIA4 "有可能保護(hù)細(xì)胞免受編輯。Shin和他的同事發(fā)現(xiàn),通過(guò)調(diào)整AcrIIA4或Cas9加入實(shí)驗(yàn)的時(shí)間,AcrIIA4將脫靶修飾減少了4倍,而沒(méi)有減少靶向效應(yīng)。江蘇育種脫靶檢測(cè)技術(shù)脫靶檢測(cè)分析,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。

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當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品在生殖qiguan持續(xù)存在時(shí),需要進(jìn)一步研究確定其在生殖細(xì)胞(例如卵母細(xì)胞、精子)的暴露水平。根據(jù)載體類(lèi)型、復(fù)制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品生殖系整合風(fēng)險(xiǎn)。遺傳毒性,基因zhiliao產(chǎn)品將遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移到宿主細(xì)胞內(nèi)或整合到宿主基因組中或?qū)λ拗骰蚪M進(jìn)行編輯,存在潛在的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。目前對(duì)于判斷細(xì)胞基因組插入/修飾是否會(huì)產(chǎn)生遺傳毒性、是否較終會(huì)發(fā)生變依然還缺乏系統(tǒng)的認(rèn)知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質(zhì)整合進(jìn)基因組、對(duì)基因組編輯等)的特征,并評(píng)估相關(guān)潛在風(fēng)險(xiǎn)。

長(zhǎng)期隨訪(fǎng)的觀(guān)察時(shí)間長(zhǎng)期隨訪(fǎng)的持續(xù)時(shí)間應(yīng)確保足以觀(guān)察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導(dǎo)致的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)不短于遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期發(fā)生時(shí)間。一般而言,針對(duì)不同類(lèi)型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體)和轉(zhuǎn)座子元件建議觀(guān)察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀(guān)察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a(chǎn)品建議觀(guān)察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。?腺相關(guān)病毒載體建議觀(guān)察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測(cè)評(píng)估,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。

浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn),脫靶檢測(cè)

細(xì)胞外檢測(cè)方法:細(xì)胞外檢測(cè)方法較為直接,將基因組提純后進(jìn)行CRISPR體外切割實(shí)驗(yàn),再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點(diǎn)即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類(lèi)細(xì)胞外脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的全基因組測(cè)序流程獲得測(cè)序數(shù)據(jù),之后需要較為復(fù)雜的生物信息學(xué)分析才能夠獲得CRISPR切割位點(diǎn)的信息。總體來(lái)講,這種方法測(cè)序成本較高,并且檢測(cè)靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測(cè)到低頻脫靶位點(diǎn),一般需要在建庫(kù)時(shí)定向捕獲CRISPR切割位點(diǎn)。SITE-seq就是這樣一種測(cè)序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過(guò)Cas9/sgRNA切割后,在切割位點(diǎn)末端連接帶Biotin的接頭;再隨機(jī)打斷基因組,在另一端連接第二個(gè)接頭;經(jīng)過(guò)鏈霉親和素磁珠純化,只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測(cè)序,實(shí)現(xiàn)了CRISPR切割位點(diǎn)的富集。該方法雖然提高了脫靶位點(diǎn)的檢測(cè)靈敏度,但有著較高的實(shí)驗(yàn)要求,每次需要投入大量的基因組DNA,并且無(wú)法區(qū)分提純基因組DNA時(shí)發(fā)生的隨機(jī)斷裂和Cas9的切割,導(dǎo)致產(chǎn)出較為明顯的背景信號(hào)。同時(shí),由于一輪Biotin接頭只會(huì)接在Cas9切割位點(diǎn)的一側(cè),導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果里只能看到脫靶位點(diǎn)一側(cè)的序列。脫靶檢測(cè)CRO,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。深圳基因編輯技術(shù)脫靶檢測(cè)方法

基因編輯脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)

通常不需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的遺傳毒性組合試驗(yàn),但應(yīng)根據(jù)基因zhiliao產(chǎn)品的特點(diǎn)、產(chǎn)品的具體適應(yīng)癥、載體的已有信息、導(dǎo)入基因序列結(jié)構(gòu)等,評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開(kāi)展另外的遺傳毒性研究,如研究基因組修飾的發(fā)生情況,并檢測(cè)隨后可能發(fā)生的異常細(xì)胞行為;評(píng)估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品采用基因編輯或轉(zhuǎn)座子技術(shù)時(shí),需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問(wèn)題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。浙江高精度脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)