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細胞經(jīng)基因修飾后會改變其生物學(xué)特性,同時也會帶來新的安全性風(fēng)險,如基因編輯脫靶風(fēng)險、載體插入突變風(fēng)險、載體重組風(fēng)險、表達的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險等。在制定非臨床研究計劃時,除參考《細胞zhilliao產(chǎn)品研究與評價技術(shù)指導(dǎo)原則》(試行)中的對細胞zhilliao產(chǎn)品的一般要求外,還應(yīng)具體問題具體分析,基于產(chǎn)品特點和目前已有的科學(xué)認(rèn)知,結(jié)合擬定適應(yīng)癥、患者人群、給藥途徑和給yaofang案等方面的考慮,科學(xué)合理的設(shè)計和實施非臨床研究,充分表征產(chǎn)品的藥理學(xué)、毒理學(xué)和藥代動力學(xué)特征。在進行獲益風(fēng)險評估時,還應(yīng)重點關(guān)注由非臨床向臨床過渡時非臨床研究的局限性和風(fēng)險預(yù)測的不確定性。脫靶檢測安全性評價,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。廣州種子脫靶檢測分析
CIRCLE-seq和CHANGE-seq與SITE-seq同期發(fā)表的CIRCLE-seq一定程度上解決了SITE-seq的一些問題。CIRCLE-seq的第一步是將純化后的基因組DNA隨機打斷成300bp左右的片段,然后首尾相連成環(huán)狀DNA,這種方法很好地避免了DNA隨機斷裂造成的背景噪聲。實驗的第二步是用Cas9切割環(huán)狀DNA,再連上接頭并進行雙端測序,這樣就可以在一次測序中同時獲取切割位點的兩側(cè)序列,彌補了SITE-seq的另一個缺點。CIRCLE-seq從總體上來說要優(yōu)于SITE-seq,但是將基因組DNA隨機打斷后成環(huán)的效率并不高,所以同一作者在3年后發(fā)表了CHANGE-seq,用Tn5一步法打斷基因組并加接頭,提高了成環(huán)效率,降低了起始基因組DNA的用量。上海off-target脫靶檢測評估內(nèi)基因編輯技術(shù)可能造成的脫靶效應(yīng)。
細胞外檢測方法:細胞外檢測方法較為直接,將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗,再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據(jù),之后需要較為復(fù)雜的生物信息學(xué)分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息。總體來講,這種方法測序成本較高,并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點,一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過Cas9/sgRNA切割后,在切割位點末端連接帶Biotin的接頭;再隨機打斷基因組,在另一端連接第二個接頭;經(jīng)過鏈霉親和素磁珠純化,只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序,實現(xiàn)了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度,但有著較高的實驗要求,每次需要投入大量的基因組DNA,并且無法區(qū)分提純基因組DNA時發(fā)生的隨機斷裂和Cas9的切割,導(dǎo)致產(chǎn)出較為明顯的背景信號。同時,由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側(cè),導(dǎo)致測序結(jié)果里只能看到脫靶位點一側(cè)的序列。
脫落與傳播。對于部分有g(shù)anran或復(fù)制能力的基因zhiliao產(chǎn)品,從受試者者體內(nèi)排出或脫落到自然環(huán)境后,可能會傳播給受試者的密切接觸者,包括患者親屬和醫(yī)護人員等,進而產(chǎn)生病毒傳播或ganran風(fēng)險。其他考慮因素。除產(chǎn)品相關(guān)因素外,基因zhiliao產(chǎn)品的長期風(fēng)險評估還應(yīng)考慮靶細胞/組織/qiguan,患者群體(年齡、免疫狀態(tài)、死亡風(fēng)險等)和相關(guān)疾病的特征以及合并其他zhiliao的影響。如果基因zhiliao產(chǎn)品可在生殖腺、生殖細胞等組織qiguan中分布并發(fā)揮作用,可能對受試者或其配偶的生育能力、妊娠以及胎兒產(chǎn)生難以預(yù)測的遲發(fā)性影響。隨著脫靶影響因素、降低策略及脫靶檢測技術(shù)研究的不斷深入,未來CRISPR/Cas9系統(tǒng)將在更多領(lǐng)域造福人類。
插入突變風(fēng)險評估一些整合性載體(如逆轉(zhuǎn)錄病毒、慢病毒、轉(zhuǎn)座子)可將外源基因插入整合到細胞基因組中,這可能會導(dǎo)致關(guān)鍵基因突變或jihuo原基因,從而導(dǎo)致惡性liu風(fēng)險增加。影響插入突變的關(guān)鍵風(fēng)險因素包括:(1)載體的整合特征,如插入位點的偏好性;(2)載體的設(shè)計,如增強子、啟動子等構(gòu)建元件的活性,影響鄰近基因的潛力;產(chǎn)生剪接突變體的潛在剪接位點或多聚腺苷酸信號等;(3)細胞載體拷貝數(shù);4)轉(zhuǎn)基因表達產(chǎn)物的功能活性(如與細胞生長調(diào)控相關(guān))和表達水平;5)靶細胞群的轉(zhuǎn)化可能性,這可能與細胞的分化狀態(tài)、增殖潛力、體外培養(yǎng)條件和體內(nèi)植入環(huán)境等有關(guān)。通過對DSB的標(biāo)記實現(xiàn)了全基因組無偏脫靶檢測,如IDLVs、BLESS、GUIDE-seq技術(shù)等。廣州育種脫靶檢測安全性評價
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GUIDE-Seq脫靶評估技術(shù)的優(yōu)勢分析鼓潤致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測工作,為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標(biāo)準(zhǔn)化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢:實用性強:能反映CRISPR在真核細胞中進行基因編輯的在靶與脫靶情況,以進行安全性和有效性評價;檢測通量高:一次能檢測多個樣本的在靶與脫靶情況,并通過優(yōu)化的標(biāo)簽設(shè)計,降低實際的測序reads數(shù)量;準(zhǔn)確性高:絕大部分檢測結(jié)果可被驗證;靈敏度高:能夠高效檢測出低頻脫靶位點,檢測低至0.1%的脫靶突變;實驗難度低:操作過程簡單易行細胞適應(yīng)性強。廣州種子脫靶檢測分析