人類的病毒性傳染很普遍，病毒可以通過呼吸道、消化道、皮膚等多種途徑進行傳播，常常會導致嚴重的公共健康問題，對人類的健康造成威脅。傳統(tǒng)的病毒檢測方法主要依賴于細胞培養(yǎng)法、抗原抗體結合法等，這些方法耗時久，靈敏度低，往往不能夠滿足臨床檢測需求。隨著分子生物學的發(fā)展，PCR方法用于病毒檢測的案例越來越多，但該方法的特異性限制了其同時檢測其它病毒的能力。因此，需要通過新的技術來實現(xiàn)。隨著二代測序技術成本的降低與普及，二代測序在臨床病原體檢測方面的優(yōu)勢也越加突顯。該技術基于二代測序平臺，可以直接從樣本中獲得病原體的核酸序列信息，再通過生物信息學的方法對得到的序列進行分析，可以快速地對樣本中可能存在的全部病原體進行鑒定，縮短了臨床檢測的周期。全基因組測序的覆蓋面廣。RNA病毒全序列測序突變分析服務

需要對病毒的全基因組進行測序的應用場景：在探普生物長時間運行過程中，我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應用場景。先，從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經費，同時能達到研究目的。此外，有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學監(jiān)測和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應課題組，可能需要對病毒的全基因組進行測序以后，結合其他上下游的研究數據，達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。國內高通量測序進化分析公司病毒全基因組測序產品特點：基于PCR技術和抗原抗體技術的售后驗證平臺。

測序技術：在病毒的鑒定及診斷中，通過高通量測序技術和RT-PCR方法的聯(lián)合使用，可以實現(xiàn)優(yōu)勢互補，提高陽性檢出率。更為重要的是，利用高通量測序技術還可以對病毒序列進行組裝，獲得病毒全長基因組信息，為監(jiān)測病毒變異、探究致病機理提供研究基礎。本次報告將圍繞高通量測序技術在檢測中的方法和策略展開分享。高通量測序技術的飛速發(fā)展使其在病毒學研究領域得到了越來越普遍的應用。無論是突發(fā)病情的應急處理、新病毒的發(fā)現(xiàn),還是較大規(guī)模的分子流行病調查,高通量測序技術都比一代測序技術有著巨大的優(yōu)勢。SFTS病毒（SFTSvirus,SFTSV）是2009年在中國新發(fā)現(xiàn)的一種布尼亞科白蛉病毒屬的蜱傳病毒,為新發(fā)傳染病發(fā)熱伴血小板減少綜合征（Severefeverwiththrombocytopeniasyndrome,SFTS）致病病因,現(xiàn)在在中國至少20個省流行。

二代測序應用的患者類型的推薦：共識明確指出了二代測序應用的患者類型及使用的時機的意見:對于神經系統(tǒng)急性傳染/血流傳染/呼吸道傳染患者，3天是二代測序使用的時機，在傳統(tǒng)方法(常規(guī)的生化檢查和培養(yǎng))3天未報陽性且經驗性調整無效時，強烈推薦二代測序檢測；對疑似病毒傳染患者，包括：疑似神經系統(tǒng)病毒傳染和病毒性肺炎且病情持續(xù)進展的患者，若完善傳統(tǒng)PCR檢測后依然未獲得明確的病原學證據時，強烈推薦二代測序檢測。對于疑似局灶性傳染患者完成常規(guī)的生物化學、培養(yǎng)或PCR檢測后，若未能獲取病原學診斷結果，推薦將二代測序作為檢測方法。而對于懷疑繼發(fā)性血流傳染患者：在原發(fā)傳染灶的病原學檢測為陰性或因各種因素無法送檢合適標本的情況下，可考慮將血標本的二代測序檢測作為二線檢測。深度測序數據是生物醫(yī)學領域數量增加快、應用廣的數據。

需要對病毒的全基因組進行測序的應用場景：在探普生物長時間運行過程中，我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應用場景。先，從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經費，同時能達到研究目的。此外，有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學監(jiān)測和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應課題組，可能需要對病毒的全基因組進行測序以后，結合其他上下游的研究數據，達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。全基因組測序通過運用新一代高通量DNA測序儀，進行10到20倍覆蓋率的個人全基因組測序。RNA病毒二代測序進化分析上哪找

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全基因組測序要注意的事項：全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接頭,進行DNA簇（Cluster）制備，后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通過Paired-End的距離可進一步組裝成Scaffold，進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質量等有關。常用的組裝有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度（Sequencingdepth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系，測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案，當測序深度在50X~100X以上時，基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證，后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準確。RNA病毒全序列測序突變分析服務

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