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杭州微生物群體多樣性測序分析多少錢

來源: 發(fā)布時間:2022-06-16

病毒宏基因組測序:可直接對樣本中的核酸進行高通量測序,鑒定樣本中可能存在的病原菌,輔助臨床決策。覆蓋細菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物;同時進行耐藥基因檢測,涵蓋266種耐藥菌,2984種抗性基因。宏基因組測序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中的應(yīng)用:發(fā)現(xiàn)和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關(guān)系是預(yù)防、診斷和新發(fā)病毒性傳染病的首要任務(wù)。高通量測序技術(shù)突破了傳統(tǒng)技術(shù)方法的局限,可以直接以標本中所有的遺傳物質(zhì)為研究對象,從而能夠快速地鑒定出標本中存在的病毒,形成了一門研究特定環(huán)境中病毒群落的新興學(xué)科:病毒宏基因組學(xué)(宏病毒組)。所謂宏基因組學(xué)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象。杭州微生物群體多樣性測序分析多少錢

病毒宏基因組學(xué)文庫中包含兆級的短序列片段(Reads)。通過不同的序列拼接軟件將Reads拼接較長的DNA序列片斷(Contigs)。數(shù)據(jù)組裝可通過K-mer分析評估各個樣品的測序深度,通過對SOAPdenovo設(shè)置不同K值,篩選較好組裝結(jié)果,對較好組裝結(jié)果進行校正,并統(tǒng)計Reads利用率。接著利用已測序生物體的DNA序列構(gòu)建數(shù)據(jù)庫,將拼接后的Contigs通過不同的鑒定方案,與數(shù)據(jù)庫里的DNA序列信息進行比對,確定該序列來自的生物群落,篩選有用的基因信息。此外,還可以用一些工具對序列進行基因預(yù)測(如Metagene、GeneMark,FragGeneScan等)。河南微生物群體多樣性測序分析診斷微生物鑒定可以用微生物對噬菌體的敏感性作為指標來鑒定微生物的種屬。

基因測序技術(shù)在此次中起到了至關(guān)重要的作用,我國科研單位在一個月之內(nèi)迅速發(fā)現(xiàn)了正確的致病病毒并完成測序,得到了WHO的贊許。我國科學(xué)研究者對病毒序列、變異、核酸檢測手段的分享也為全世界應(yīng)對COVID-19帶來了極有力的支持。在病毒檢測過程中,一種測序技術(shù)獲得了市場的普遍關(guān)注,這個技術(shù)就是宏基因組測序(mNGS)技術(shù)。宏基因組學(xué)(Metagenomics),是以特定環(huán)境樣品中整個微生物群落基因組作為研究對象,無需分離培養(yǎng),直接提取環(huán)境樣本的DNA進行高通量測序。對于臨床而言,mNGS可以準確的分析患者樣本全部微生物,這一點對于傳染性疾病的病原體研究具有極高的應(yīng)用價值。

一直以來宏基因組技術(shù)都是在細菌領(lǐng)域使用,病毒的樣本收集困難、文庫構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫不完善,因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應(yīng)用。生物進行病毒宏基因組測序,樣品具備什么條件才可以獲得比較質(zhì)量的宏基因組分析效果?其他公司對用于測序的樣本的要求較高。而在探普生物進行病毒宏基因組測序,基于探普的專有流程,樣本要求非常低,不要求總量到達微克,探普有專門的收樣標準和送樣流程。為了保證后續(xù)數(shù)據(jù)的有效利用率,需要客戶配合完成合格的取樣步驟和樣本前處理步驟。當(dāng)然探普也提供適當(dāng)?shù)臉颖咎幚矸?wù)。核酸性質(zhì)有RNA和DNA之分,核酸鏈還有單雙鏈之分,而核酸本質(zhì)不同和單雙鏈的不同,進行同樣的實驗步驟其效率也不一樣。有很多微生物通過傳統(tǒng)技術(shù)是無法鑒別的。

病毒宏基因組學(xué):是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上,結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個新的學(xué)科分支,是某類樣本中所有病毒(virus)或病毒類似物(virus-like-particle)及其所攜帶遺傳信息的總稱。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對象,能夠快速準確的鑒定出環(huán)境中所有的病毒組成,在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可應(yīng)用于人或動物腸道或者血液樣本、海洋、土壤等的研究,用以挖掘潛在的對人類和環(huán)境的危害。病毒全基因組測序產(chǎn)品特點:無需培養(yǎng)和特異性擴增,對采集臨床樣本直接檢測。杭州微生物群體多樣性測序分析多少錢

宏基因組測序能夠快速全方面的展示序列信息的優(yōu)勢。杭州微生物群體多樣性測序分析多少錢

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