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微生物群體多樣性測序分析服務

來源: 發(fā)布時間:2022-08-10

目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術的加接頭的文庫。隨著深度測序技術的不斷發(fā)展,第二代高通量測序技術、第三代單分子測序技術已經(jīng)普遍地應用于各項研究領域中,以454測序技術和Illumina測序技術為表示的二代測序法得到迅速推廣用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫,相信將來第三代測序平臺如tSMSTM(truesinglemolecularsequeneing)技術平臺、SMRT(singlemoleculereal-time)技術平臺、FRET測序技術及納米孔單分子技術為表示的第三代測序法也將應用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫。Donaldson等[23]采用高通量測序技術構(gòu)建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學文庫,獲得了600000條讀長(Reads)的核酸序列。一直以來,病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學調(diào)查和宿主-病原關系研究的重要手段。微生物群體多樣性測序分析服務

病毒宏基因組:宏基因組學或元基因組(metagenomics),其定義為“Thecollectivegenomesofsoilmicroflora”。該學科可追溯到第1次提出環(huán)境基因組學的概念,在對太平洋浮游生物進行系統(tǒng)分類時構(gòu)建了第1個噬菌體文庫,并發(fā)現(xiàn)了15種全新的細菌序列。宏基因組學概念是“土壤中所有微生物基因組的總和”命名為土壤宏基因組,系統(tǒng)給出了宏基因組的概念,提出針對特定環(huán)境樣品中遺傳物質(zhì)總和進行非培養(yǎng)研究。對宏基因組進一步概括為“應用現(xiàn)代的分子生物學技術直接從環(huán)境中獲取的目的微生物群落基因組,叫宏基因組”。微生物群體多樣性測序分析服務由于微生物是對無菌性的重大威脅,對環(huán)境微生物的準確鑒定通常是制藥行業(yè)良好的生產(chǎn)實踐(GMP)要求。

在探普生物進行病毒宏基因組測序的流程非常簡單,簡而言之,客戶只需要說清楚樣品情況,準備樣品即可,其他事宜都由探普來進行安排。大致流程如下:1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況;2)探普生物工作人員擬定項目合同,雙方協(xié)商合同內(nèi)容后簽字蓋章;3)按樣本準備指南準備好樣本,填寫信息單后通知銷售人員預訂干冰,安排樣本寄運輸;4)客戶支付項目啟動款,探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告;5)客戶支付項目尾款,探普生物提交測序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果;6)售后問題處理,項目結(jié)題。

宏基因組應用:特定生物種基因組研究使人們的認識單元實現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變,宏基因組研究將使人們擺脫物種界限,揭示更高更復雜層次上的生命運動規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認識和基因操作技術背景下,細菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對象。細菌宏基因組細菌人工染色體文庫篩選和基因系統(tǒng)學分析使研究者能更有效地開發(fā)細菌基因資源,更深入地洞察細菌多樣性。如宏基因組成為生物催化劑的新來源。病毒宏基因組測序是指通過高通量測序?qū)φ麄€環(huán)境中的病毒進行研究,以獲得單個樣品的飽和數(shù)據(jù)量,可進行病毒群體的物種分類、復雜度分析、群體結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、樣品間的病毒種類或基因差異分析。宏基因組測序研究擺脫了對病毒分離培養(yǎng)的限制,為環(huán)境中各種病毒的研究提供了有效工具,并可以通過宏基因組深度測序挖掘具有應用價值的基因資源。未知病原微生物樣本需要經(jīng)歷:核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學分析這三大基本流程才能完成鑒定。

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象,不需對微生物進行分離培養(yǎng),而是提取環(huán)境微生物總DNA進行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術限制,在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關系。目前,第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被普遍應用。第二代高通量測序平臺具有通量高、準確性高、速度快、信息全等特點,加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落,挖掘更多基因資源方面的應用。全基因組測序通過運用新一代高通量DNA測序儀,進行10到20倍覆蓋率的個人全基因組測序。重慶微生物群體多樣性測序排行

DNA病毒基因組測序:動物、人、植物被特定病毒株侵染,分離到病毒株。微生物群體多樣性測序分析服務

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