近年來，隨著測序技術(shù)的發(fā)展，對微生物群（微生物組）的研究逐漸加深，研究熱點(diǎn)越來越多集中于環(huán)境和生物體相互作用的微生物群。加之測序成本降低，分析技術(shù)不斷提升，都使得宏基因組測序技術(shù)得到普遍應(yīng)用。為什么要做宏基因組：宏基因組相對16S來說其物種分辨率會更高，隨著物種測序完成越來越多，數(shù)據(jù)庫更加完善，在腸道菌群方面基本能實現(xiàn)97%以上的菌都能鑒定到種，90%以上到菌株層面。而且可以同時獲得除RNA病毒外的所有物種的分布。此外包括菌基因組CNV等方法的出現(xiàn)，可以直接通過大規(guī)模宏基因組測序不僅找到可能的菌，進(jìn)一步還能鑒定出特定候選基因區(qū)段。病毒宏基因組測序可直接對樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序。成都病原微生物多樣性測序原理

狀病毒的發(fā)現(xiàn)，病原宏基因組測序功不可沒：對一種新病毒進(jìn)行鑒定和檢測，其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次監(jiān)測和防控中，病原宏基因組測序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用，利用其技術(shù)優(yōu)勢，研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出的基因組，而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。2019-nCoV為線性單鏈RNA（ssRNA）病毒，基因組全長包含29903個核苷酸，10個基因。病毒基因組序列為進(jìn)一步分析其傳染機(jī)理，傳播途徑，藥物靶點(diǎn)等提供了有利的支持。杭州水體微生物測序排行對病毒全基因組進(jìn)行測序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因組序列。

病原體-宏基因組測序:1.開發(fā)了一種經(jīng)過驗證的臨床mNGS檢測方法，用于在許可的微生物實驗室中診斷腦脊髓液（CSF）引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發(fā)了定制的生物信息學(xué)管道SURPI+，以快速分析mNGS數(shù)據(jù)，生成檢測到的病原體的自動摘要，并提供用于評估和解釋結(jié)果的圖形用戶界面。3.mNGS提供了一種全方面的方法，通過該方法可以在一次測定中準(zhǔn)確鑒定幾乎所有潛在病原體-病毒，細(xì)菌，寄生蟲。4.將mNGS測試遷移到臨床微生物學(xué)實驗室仍然面臨許多挑戰(zhàn)：1、缺乏用于mNGS臨床驗證的既定藍(lán)圖；2、難以將病原體從殖民者或污染物中區(qū)分開；3、缺乏專為臨床診斷使用的生物信息學(xué)軟件；4、注重質(zhì)量和全方面性的可獲得的參考數(shù)據(jù)庫；5、臨床實驗室改進(jìn)修正案（CLIA）環(huán)境中，患者診斷測試固有的法規(guī)遵從性要求。

近年來，新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，人類想要征服新發(fā)人畜共患病，就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機(jī)制及疫苗開發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)合深度測序技術(shù)（第二代、第三代測序技術(shù)）已經(jīng)在人類、動物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒，該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列，在國內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。就病毒宏基因組學(xué)在動物病毒研究中的應(yīng)用及研究進(jìn)展進(jìn)行了介紹。全基因組測序通過運(yùn)用新一代高通量DNA測序儀，進(jìn)行10到20倍覆蓋率的個人全基因組測序。

介紹宏病毒組分析的常用軟件之前，首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術(shù)及NGS測序平臺的宏病毒組學(xué)研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術(shù)層出不窮，但另一個層面，宏病毒組是宏基因組的一個分支，基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下，宏病毒組主要包括一下幾個方面的分析內(nèi)容：病毒群落結(jié)構(gòu)組成分析；病毒群落功能分析；病毒（特別是噬菌體）宿主預(yù)測；病毒與群落中細(xì)菌、古菌等其他微生物之間的互作網(wǎng)絡(luò)；基于非數(shù)據(jù)庫比對的新病毒序列的挖掘。傳統(tǒng)病原微生物檢測方法是生化方法。河南微生物群體多樣性測序診斷

病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導(dǎo)下一步的研究。成都病原微生物多樣性測序原理

上海探普生物科技有限公司對樣本進(jìn)行宏病毒組測序有什么優(yōu)勢？全國開設(shè)病毒宏基因組測序的公司不超過3家，只有探普生物是專門為病毒研究者服務(wù)的，探普生物的研發(fā)團(tuán)隊和實驗團(tuán)隊都來自全國各地病毒學(xué)、微生物學(xué)專業(yè)的高校，碩士及以上學(xué)歷成員超過60%，團(tuán)隊具備普通測序?qū)嶒灪头治龌A(chǔ)之外，同時具備病毒學(xué)及微生物學(xué)的學(xué)術(shù)背景，相當(dāng)了解病毒相關(guān)樣本情況、研究方向等。研究者在項目咨詢的時候就可以明顯感覺到探普生物的專業(yè)性，溝通順暢，省時省力。成都病原微生物多樣性測序原理

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