狀病毒的發(fā)現(xiàn)，病原宏基因組測序功不可沒。對一種新病毒進(jìn)行鑒定和檢測，其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次病情監(jiān)測和防控中，病原宏基因組測序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用，利用其技術(shù)優(yōu)勢，研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出冠狀病毒的基因組，而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。冠狀病毒2019-nCoV為線性單鏈RNA（ssRNA）病毒，基因組全長包含29903個核苷酸，10個基因。病毒基因組序列為進(jìn)一步分析其傳染機(jī)理，傳播途徑，藥物靶點(diǎn)等提供了有利的支持。病原微生物二代測序也稱宏基因組測序（mNGS）是目前臨床上針對病原常用的基因測序方法。腸道微生物多樣性分析原理

宏病毒組學(xué)是宏基因組學(xué)的一個分支，但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同，它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上，結(jié)合病毒自身的特點(diǎn)，將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用于海洋病毒群落的研究，發(fā)現(xiàn)噬菌體為海水中主要病毒組，這一研究標(biāo)志著宏病毒組學(xué)正式應(yīng)用于科學(xué)研究。簡而言之，宏病毒組學(xué)就是應(yīng)用特殊方法把特定環(huán)境中所有病毒與其他微生物分開，然后提取的病毒核酸，用高通量技術(shù)進(jìn)行病毒核酸測序，依托現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相應(yīng)的比對工作，并運(yùn)用軟件分析處理后得到研究樣品中病毒群落的組成信息。腸道微生物多樣性分析原理技術(shù)的成熟，未來二代測序病原體檢測應(yīng)進(jìn)一步在成本下降、診斷標(biāo)準(zhǔn)完善、質(zhì)量控制提升等方面進(jìn)行完善。

上海探普生物科技有限公司對樣本進(jìn)行宏病毒組測序以后的數(shù)據(jù)分析工作的進(jìn)行：寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括，1，基于數(shù)據(jù)庫，去除宿主數(shù)據(jù)和其他微生物數(shù)據(jù)，篩選出目的序列，然后進(jìn)行序列組裝，物種分類，豐度統(tǒng)計(jì)。樣本數(shù)量達(dá)到一定標(biāo)準(zhǔn)還可以進(jìn)行差異分析。現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫不夠完善，出于對數(shù)據(jù)真實(shí)性的尊重，探普生物一般不進(jìn)行功能相關(guān)的分析。預(yù)測性質(zhì)的分析可以根據(jù)具體項(xiàng)目評估數(shù)據(jù)庫質(zhì)量后進(jìn)行。

目前技術(shù)的進(jìn)一步成熟，未來二代測序病原體檢測應(yīng)進(jìn)一步在成本下降、診斷標(biāo)準(zhǔn)完善、質(zhì)量控制提升等方面進(jìn)行完善。同時應(yīng)進(jìn)一步增加大樣本量的研究，以建立中國傳染病原體宏基因組學(xué)檢測的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范。對于懷疑神經(jīng)系統(tǒng)急性傳染的患者，如有條件，推薦在抽取腦脊液時同步留取2mL腦脊液標(biāo)本保存于-16～20℃冰箱。在完成常規(guī)生物化學(xué)檢查和培養(yǎng)之后，若3d內(nèi)未獲得明確的病原學(xué)依據(jù)且經(jīng)驗(yàn)性抗傳染無效，推薦對留存的腦脊液標(biāo)本進(jìn)行二代測序檢測。若未留存標(biāo)本，可重新采集標(biāo)本（Ａ，Ⅱ）。宏基因組測序技術(shù)，克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制。

病毒宏基因組測序的研究案例：噬菌體是糞便病毒組的主要成員，糞便病毒組移植（FVT）或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。在該項(xiàng)概念驗(yàn)證試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后，飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢，同時還能保持正常的血糖指標(biāo)，F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護(hù)性功能代謝作用。這項(xiàng)研究表明，F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。對噬菌體不造成損傷，大程度保證了病毒活性，適用于下游FVT研究。宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個分支，但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同，它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上，結(jié)合病毒自身的特點(diǎn)，將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。病毒宏基因組測序在核酸純化環(huán)節(jié)，探普可以提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南。廣州腸道微生物多樣性測序分析服務(wù)

探普生物的病毒測序結(jié)果質(zhì)量有保障外。腸道微生物多樣性分析原理

病原微生物二代測序也稱宏基因組測序（mNGS）是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。通過對疑似傳染標(biāo)本采集提取后（無需培養(yǎng)）直接進(jìn)行高通量測序，利用病原微生物數(shù)據(jù)庫比對和分析后可以獲得疑似致病微生物種屬信息?；贜GS的宏基因組學(xué)檢測技術(shù)在2014年被用于臨床傳染患者的病原學(xué)診斷。目前，多個省市已經(jīng)將病原微生物二代測序納入醫(yī)保報(bào)銷，助力病毒檢測！目前，國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心數(shù)據(jù)資源總量已超過300TB，數(shù)據(jù)記錄數(shù)超過了40億條?？捎糜谂R床的微生物數(shù)據(jù)庫包括了超過18000條信息。腸道微生物多樣性分析原理

上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型的公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋病毒測序，病毒全基因組測序，病毒宏基因組測序，未知病原鑒定等，價格合理，品質(zhì)有保證。公司從事醫(yī)藥健康多年，有著創(chuàng)新的設(shè)計(jì)、強(qiáng)大的技術(shù)，還有一批**的專業(yè)化的隊(duì)伍，確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。上海探普生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點(diǎn)競爭力。