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福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence

來源: 發(fā)布時間:2024-09-15

RIP實驗細胞裂解(對于單層細胞或貼壁細胞)方法步驟:

用10mL冰冷的PBS洗滌培養(yǎng)瓶或平板上的細胞兩次。

加入10mL冰冷的PBS。從每個培養(yǎng)瓶或平板上刮下細胞,然后轉移到離心管。

通過在4℃下以1500rpm離心5分鐘來收集細胞,并丟棄上清液。

在等體積的完全RIP裂解緩沖液中重新懸浮細胞顆粒。通過上下移液混合,直到細胞被分散,混合物呈現均勻。將裂解液放在冰上孵育5min。這一步允許低滲RIP緩沖液膨脹細胞。將每個裂解液的~200μL分配到無核酸酶的微離心管中,并在-80℃下保存。 RIP-qPCR可以特異性地識別并結合目標RNA結合蛋白(RBP),分析與其結合的RNA分子。福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence

福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence,RIP

RIP-qPCR實驗(RNA Immunoprecipitation followed by quantitative PCR)是一種用于研究細胞內特定蛋白質與RNA相互作用的技術。該技術結合了免疫沉淀(Immunoprecipitation)和實時熒光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)的方法,旨在識別和定量與特定蛋白質結合的RNA分子。在RIP-qPCR實驗中,首先使用針對目標蛋白質的特異性抗體進行免疫沉淀,將與該抗體結合的蛋白質-RNA復合物從細胞裂解液中分離出來。隨后,通過洗滌步驟去除非特異性結合的分子,保留與目標蛋白質特異性結合的RNA。接下來,從免疫沉淀復合物中提取RNA,并將其逆轉錄為cDNA。然后,利用特異性引物進行qPCR反應,以定量檢測與目標蛋白質結合的特定RNA分子的豐度。通過比較不同樣品中目標RNA的相對表達水平,可以評估蛋白質與RNA之間的結合強度和特異性。RIP-qPCR實驗在生物學研究中具有廣泛應用,可用于研究轉錄后調控、RNA轉運、RNA穩(wěn)定性以及非編碼RNA與蛋白質相互作用等方面的問題。該技術為揭示細胞內基因表達調控的復雜網絡提供了有力工具。江西RNA蛋白相互作用RIP測序檢測RIP-qPCR實驗技術是基于RNA免疫沉淀與實時熒光定量PCR的結合。

福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence,RIP

RIP-Seq檢測和RIP-qPCR驗證技術價值:(1)蛋白與RNA相互作用數據,是探究轉錄后調控機制研究的重要內容,體現機制研究的深度,能明顯提升臨床基礎類研究文章的檔次。(2)蛋白與RNA互作組檢測,常用于RBP蛋白的結合譜研究,如m6A-RIP-Seq。但理論上蛋白和RNA生物大分子,均有結合調控的可能。因此可用于目的蛋白結合RNA調控方向的機制探究,可用于是經典老基因的機制突破。(3)蛋白與RNA互作,其結合RNA的區(qū)域,是進一步研究互作機制和功能的關鍵內容,能夠明顯提高機制研究的高度。

RIP-seq和RIP-qPCR實驗都是基于RNA免疫沉淀(RIP)技術的方法,用于研究細胞內RNA與蛋白質的相互作用。它們的相同點主要體現在以下幾個方面:首先,兩者都利用特定蛋白的抗體來沉淀相應的RNA-蛋白質復合物,從而實現對與特定蛋白質結合的RNA的捕獲。這一步驟是兩種實驗方法的重要部分,確保了實驗的特異性和準確性。其次,RIP-seq和RIP-qPCR實驗都需要對捕獲的RNA進行處理和分析。在RIP-seq中,RNA被高通量測序技術測序,以獲取全基因組范圍內的RNA與蛋白質相互作用信息。而在RIP-qPCR中,RNA則通過逆轉錄和定量PCR技術進行檢測和定量,以驗證特定RNA與蛋白質的相互作用。另外,這兩種實驗方法都需要設置適當的對照實驗來確保結果的可靠性。通過比較實驗組和對照組的結果,可以排除非特異性結合和實驗誤差的干擾,從而得出準確的結論。綜上所述,RIP-seq和RIP-qPCR實驗在利用特定蛋白抗體沉淀RNA-蛋白質復合物、對捕獲的RNA進行處理和分析以及設置對照實驗等方面具有相同點。它們是研究細胞內RNA與蛋白質相互作用的重要工具,為深入了解基因表達調控和細胞生物學過程提供了有力支持。RIP實驗技術原理是什么。

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做好RIP-qPCR實驗,需要做好以下準備:一、實驗材料與試劑。細胞或組織樣本:確保樣本新鮮、無污染,并符合實驗需求。特異性抗體:針對目標RNA結合蛋白的抗體,用于免疫沉淀。qPCR引物:特異性針對目標RNA的引物,用于后續(xù)定量檢測。RIP裂解液、洗滌液等試劑:確保實驗流程順利進行。二、儀器與設備。qPCR儀:用于進行實時熒光定量PCR反應。離心機:用于沉淀和洗滌步驟中的離心操作。磁力架:如使用磁珠進行免疫沉淀,需磁力架輔助。三、實驗前準備。查閱文獻,明確實驗目的和流程,設計好實驗方案。檢查試劑耗材是否齊全,避免實驗中斷。對實驗環(huán)境進行清潔和消毒,確保無菌操作。四、實驗操作規(guī)范。嚴格遵守RNA操作規(guī)范,避免RNA降解。確保所有步驟在適當的溫度和時間下進行。注意實驗安全,佩戴手套、護目鏡等防護用品??傊?,做好RIP-qPCR實驗需要充分的實驗準備,包括實驗材料與試劑、儀器與設備、實驗前準備以及嚴格的實驗操作規(guī)范。只有充分準備,才能確保實驗的順利進行和結果的準確性。RIP-qPCR實驗技術有哪些優(yōu)缺點。上?;プ鳈C制RIP-qPCR檢測

RIP-seq和RIP-qPCR實驗在研究RNA與蛋白質的相互作用時具有不同的特點和應用。福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence

RIP實驗RNA結合蛋白-RNA復合物的免疫沉淀(RIP)免疫沉淀方法:

將所有的試管在4°C下旋轉孵育3小時至過夜。

將免疫沉淀管短暫離心,放置在磁性分離器上,棄用上清液。

從磁鐵上取下試管。每管中加入0.5mLRIP洗滌緩沖液,短暫渦旋。(重復清洗5次)

后面一次洗滌中,將500μL的珠子懸液中各取出50μL,通過免疫印跡法檢測免疫沉淀的效率。在1XSDS-PAGE加載緩沖液中重新懸浮珠子,然后在95°C加熱,可以洗脫蛋白質。然后可以離心,上清液直接應用于SDS-PAGE上。 福建RNA蛋白互作檢測RIP Sequence