聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)是一種用于放大擴(kuò)增特定的DN段的分子生物學(xué)技術(shù),它可看作是生物體外的特殊DNA復(fù)制,PCR的很大特點(diǎn)是能將微量的DNA大幅增加。因此,無論是化石中的古生物、歷史人物的殘骸,還是幾十年前兇殺案中兇手所遺留的毛發(fā)、皮膚或血液,只要能分離出一丁點(diǎn)的DNA,就能用PCR加以放大,進(jìn)行比對。這也是“微量證據(jù)”的威力之所在。由1983年美國首先提出設(shè)想,1985年由其發(fā)明了聚合酶鏈反應(yīng),即簡易DNA擴(kuò)增法,意味著PCR技術(shù)的真正誕生。到2013年,PCR已發(fā)展到第三代技術(shù)。重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)可以創(chuàng)造特定的長DNA構(gòu)建體。武漢微量熒光定量PCR應(yīng)用
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)是一種體外迅速擴(kuò)增DN段的技術(shù),它能以極少量的DNA為模版,在幾小時(shí)內(nèi)復(fù)制出上百萬份的DNA拷貝。DNA的半保留復(fù)制是生物進(jìn)化和傳代的重要途徑。雙鏈DNA在多種酶的作用下可以變性解鏈成單鏈,在DNA聚合酶與啟動(dòng)子的參與下,根據(jù)堿基互補(bǔ)配對原則復(fù)制成同樣的兩分子挎貝。在實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn),DNA在高溫時(shí)由于兩條鏈之間的氫鍵被破壞也可以發(fā)生變性解鏈,當(dāng)溫度降低后又可以復(fù)形成為雙鏈。因此,通過溫度變化控制DNA的變性和復(fù)性,并設(shè)計(jì)引物做啟動(dòng)子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的體外復(fù)制。但是,DNA聚合酶在高溫時(shí)會失活,因此,每次循環(huán)都得加入新的DNA聚合酶,不但操作煩瑣,而且價(jià)格昂貴,制約了PCR技術(shù)的應(yīng)用和發(fā)展。發(fā)現(xiàn)耐熱DNA聚合同酶--Taq酶對于PCR的應(yīng)用有里程碑的意義,該酶可以耐受90℃以上的高溫而不失活,不需要每個(gè)循環(huán)加酶,使PCR技術(shù)變得非常簡捷、同時(shí)也降低了成本,PCR技術(shù)得以大量應(yīng)用,并逐步應(yīng)用于臨床。武漢微量熒光定量PCR應(yīng)用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):模板的制備,PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:引物內(nèi)部不應(yīng)出現(xiàn)互補(bǔ)序列。兩個(gè)引物之間不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,尤其是避免3 ′端的互補(bǔ)重疊。引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過70%,引物3′末端連續(xù)8個(gè)堿基在待擴(kuò)增區(qū)以外不能有完全互補(bǔ)序列,否則易導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增。引物3‘端的堿基,特別是很末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對,很好選擇是G和C。引物的5′端可以修飾。如附加限制酶位點(diǎn),引入突變位點(diǎn),用生物素、熒光物質(zhì)、地高辛標(biāo)記,加入其它短序列,包括起始密碼子、終止密碼子等。
逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)的原理是:提取組織或細(xì)胞中的總RNA,以其中的mRNA作為模板,采用Oligo(dT)或隨機(jī)引物利用逆轉(zhuǎn)錄酶反轉(zhuǎn)錄成cDNA。再以cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,而獲得目的基因或檢測基因表達(dá)。完整RNA 的提取和純化,是進(jìn)行RNA 方面的研究工作,如Nothern雜交、mRNA 分離、RT-PCR、定量PCR、cDNA合成及體外翻譯等的前提。所有RNA的提取過程中都有五個(gè)關(guān)鍵點(diǎn),即樣品細(xì)胞或組織的有效破碎;有效地使白復(fù)合體變性;對內(nèi)源RNA酶的有效抑制;有效地將RNA從DNA和蛋白混合物中分離;對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質(zhì)的有效除去。但其中很關(guān)鍵的是抑制RNA酶活性。RNA 的提取目前階段主要可采用兩種途徑,提取總核酸,再用氯化鋰將RNA 沉淀出來;直接在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質(zhì)進(jìn)入有機(jī)相而RNA 留在水相。種提取方法將導(dǎo)致小分子量RNA 的丟失,目前該方法的使用頻率已很低。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:引物內(nèi)部不應(yīng)出現(xiàn)互補(bǔ)序列。
industryTemplate聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過70%。武漢微量熒光定量PCR應(yīng)用
逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達(dá)譜,以確定基因的表達(dá)或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。武漢微量熒光定量PCR應(yīng)用
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的循環(huán)參數(shù):預(yù)變性,模板DNA完全變性與PCR酶的完全對PCR能否成功至關(guān)重要,建議加熱時(shí)間參考試劑說明書,一般未修飾的Taq酶時(shí)間為兩分鐘。變性步驟,循環(huán)中一般95℃,30秒足以使各種靶DNA序列完全變性,可能的情況下可縮短該步驟時(shí)間。變性時(shí)間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹底,易造成擴(kuò)增失敗。引物退火,退火溫度需要從多方面去決定,一般根據(jù)引物的Tm值為參考,根據(jù)擴(kuò)增的長度適當(dāng)下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上做出預(yù)估。退火溫度對PCR的特異性有較大影響。引物延伸,引物延伸一般在72℃進(jìn)行(Taq酶很適溫度)。但在擴(kuò)增長度較短且退火溫度較高時(shí),本步驟可省略延伸時(shí)間隨擴(kuò)增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1min/kbp。循環(huán)數(shù),大多數(shù)PCR含25-35循環(huán),過多易產(chǎn)生非特異擴(kuò)增。延伸,在一個(gè)循環(huán)后,反應(yīng)在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸完全,并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。武漢微量熒光定量PCR應(yīng)用