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廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-01-28

Real-time PCR:對擴(kuò)增技術(shù)的修飾可以從完全未知的基因組中提取片段,或者可以產(chǎn)生感興趣區(qū)域的單鏈。聚合酶鏈反應(yīng)有許多應(yīng)用于傳統(tǒng)的DNA克隆。它可以從更大的基因組中提取片段以插入載體,這可能只有少量可用。使用一組“載體引物”,它還可以分析或提取已經(jīng)插入載體的片段。聚合酶鏈反應(yīng)方案的一些改變可以產(chǎn)生突變(通用的或定點(diǎn)的)插入片段。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的,并改變或改善蛋白質(zhì)功能。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):模板的制備,PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

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Real-time PCR:所謂Real-time PCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入螢光基團(tuán),利用螢光信號累積實(shí)時(shí)監(jiān)測整個(gè)PCR進(jìn)程,之后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進(jìn)行定量分析的方法。利用螢光信號的變化實(shí)時(shí)檢測PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化,通過Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析對起始模板進(jìn)行定量分析。Real-time PCR技術(shù)即實(shí)時(shí)螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產(chǎn)物監(jiān)測定量產(chǎn)生的偏差,提高實(shí)驗(yàn)的重複性。該技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測細(xì)胞mRNA表達(dá)量的變化;比較不同組織的mRNA表達(dá)差異;驗(yàn)證基因晶片,siRNA干擾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。連云港血液RT-PCR檢測技術(shù)哪家好序列間特異性聚合酶鏈反應(yīng)放大簡單重復(fù)序列之間的區(qū)域,以產(chǎn)生擴(kuò)增片段長度的獨(dú)特指紋。

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Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會成功的。假陽性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時(shí)其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有:減少酶量,或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:PCR所用的酶主要有兩種來源:Taq和Pfu,分別來自兩種不同的噬熱菌。

Real-time PCR:基線(baseline):通常是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號,同一次反應(yīng)中針對不同的基因需單獨(dú)設(shè)置基線。閾值(threshold):自動設(shè)置是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。手動設(shè)置:置于指數(shù)擴(kuò)增期,剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強(qiáng)。同一次反應(yīng)中針對不同的基因可單獨(dú)設(shè)置閾值,但對于同一個(gè)基因擴(kuò)增一定要用同一個(gè)閾值。Ct值:與起始濃度的對數(shù)成線性關(guān)系,分析定量時(shí)候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會導(dǎo)致定量的不準(zhǔn)確。相對定量:通過與內(nèi)參基因Ct值之間的相差來計(jì)算基因之間的表達(dá)差異,一般是2-△△Ct。或者是考慮擴(kuò)增效率的Pfaffl法。聚合酶鏈反應(yīng)很容易理解和使用,并迅速產(chǎn)生結(jié)果。

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Real-timePCR的反應(yīng)條件:dNTP濃度過高會加快反應(yīng)速度,但同時(shí)還可以增加堿基的錯(cuò)誤摻入率。引物濃度過高會引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增。TaqDNA聚合酶濃度過高會引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增,低則合成產(chǎn)物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能,摻入錯(cuò)誤率達(dá)2*E-4個(gè)核苷酸,一個(gè)30個(gè)循環(huán)的擴(kuò)增反應(yīng)0.1%-0.25%總錯(cuò)誤率。在90~95度下可使整個(gè)基因組的DNA變性為單鏈。一般94~95度30~60s。時(shí)間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40~60度使引物和模板結(jié)合。引物長度在15~25時(shí)退火溫度。實(shí)時(shí)熒光定量PCR的定量方法,在Real-time PCR中,模板定量有兩種策略。黃山血液PCR檢測技術(shù)

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過70%。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

Real-time PCR鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法:反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng,而基因組DNA則應(yīng)<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對照出現(xiàn)條帶:試劑,頭,工作臺污染。使用全新的試劑和頭,對工作臺進(jìn)行清潔。條帶大小與理論不符:污染。使用全新的試劑和頭,對工作臺進(jìn)行清潔。模板或引物使用錯(cuò)誤。更換引物和模板?;騺喰?。對研究的基因進(jìn)行序列分析和BLAST研究。逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達(dá)譜,以確定基因的表達(dá)或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。廈門特殊樣本RT-PCR檢測技術(shù)

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